Bulletin de veille – Octobre 2020

Sommaire

• L’actualité dans vos disciplines
  Données
  Editeurs
  Chercheurs et doctorants
• Institutions
• Etudes et enquêtes
• Visibilité et préservation des données de recherche
• CERN et Ecole des Houches
• Se former

L’actualité dans vos disciplines

◘ ENJEUX SUR LES DONNEES

Science ouverte et chimie : un programme de conférences pendant 4 jours. Du 9 au 13 novembre, RSC lance le débat en ligne en couvrant de nombreux enjeux : l’ouverture des publications, l’ouverture des données et les outils open source en chimie. Si vous êtes intéressé(e), n’attendez plus pour vous inscrire : après le 6 novembre il sera trop tard ! 

Science ouverte et chimie (bis) : une table-ronde le 17 novembre. A l’initiative de Chemistry Europe (Wiley), un événement en ligne consacré à l’ouverture des données aura lieu le 17 novembre. Les deux premières interventions, sur la chimie pharmaceutique, seront en lien avec l’enjeu du Covid, pendant que la troisième sera davantage axée sur l’ouverture des données et des codes sources. 

Des services de données pour les physiciens avec le projet Escape. En physique, le projet européen ESCAPE (European Science Cluster Astronomy & particle Physics ESFRI research infrastructures), coordonné par le CNRS, vise  à faciliter la préservation et le partage des données en physique des particules et astrophysique. Dans cette interview, le coordinateur international du projet, Giovanni Lananna (CNRS/Université Savoie Mont Blanc) présente les objectifs visés : un catalogue de logiciels d’analyses open-source (OSSR), une infrastructure de gestion et de traitement de données (DIOS) ou encore une plateforme d’analyse scientifique en ligne (ESAP). 

IOP veut encourager la publication de résultats négatifs. Dans le cadre de l’open access week qui se tient chaque année, IOP signale les évolutions de sa politique éditoriale. Parmi elles, la volonté de “publier de nouveaux types de revues, comme IOP SciNotes, qui accueille des résultats négatifs ainsi que des recherches académiques se présentant autrement que sous forme d’articles.” En sciences médicales cette fois-ci, une autre initiative du même ordre a été annoncée par l’American Heart Association, avec le lancement d’une nouvelle collection en ligne consacrée à la valorisation des résultats non-conclusifs ou négatifs. Baptisée Null Hypothesis Collection, cette initiative éditoriale vise à corriger le manque de visibilité des articles permettant d’écarter certaines hypothèses de recherche. “Nous nous sommes tellement habitués à célébrer les réussites en science que nous en oublions le rôle crucial des échecs pour faire avancer un domaine”, affirme l’éditeur. “Une recherche de haute qualité représente plus qu’une découverte excitante. Elle est avant tout le produit d’une rigueur de conception, d’exécution et d’analyse.”

◘ ENJEUX EDITORIAUX

En Allemagne, près de 10 000 $ par article pour publier en open access dans Nature. C’est la conséquence de “l’accord transformant” de 4 ans conclu entre Springer et l’Institut Max Planck et signalé dans Times Higher Education. A partir de janvier 2021, il sera possible pour les chercheurs allemands concernés de publier leurs articles dans Nature en open access. Le montage financier conclu, qui comprend notamment le montant des frais d’abonnement versés jusqu’ici, aboutit à un coût par article de 9500 $, pris en charge par l’Institut Max Planck.  

IOP veut faire évoluer sa politique éditoriale.  L’IOP (Institute of Physics) est désormais signataire de la Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche (DORA). Le texte, adopté en 2012, pointe notamment les “insuffisances” du facteur d’impact dans l’évaluation de la qualité d’une contribution scientifique. L’une des recommandations vise à “tenir compte de la valeur et de l’impact de tous les résultats de travaux de recherche (y compris les jeux de données et les logiciels) en plus des publications scientifiques”. En cohérence avec les objectifs de DORA, l’IOP s’engage par exemple à publier en accès ouvert toutes les références citées dans les articles édités. Cet effort participe à l’initiative sur les “citations ouvertes”, qui permettra à terme de construire un outil bibliométrique plus transparent que celui établi par Clarivate Analytics, qui repose sur les revues indexées dans le Web of Science. 

Une nouvelle encyclopédie “contemporaine”. Entamée il y a trois ans, la rédaction d’une encyclopédie scientifique en ligne diffusée en français, en anglais et bientôt en espagnol, commence à porter ses fruits. Pour chaque domaine et chaque thème, les meilleurs universitaires du monde entier vont écrire, dans un chapitre d’une trentaine de pages, ce qu’ils savent de leur champ de recherche”, indique Jean-Charles Pomerol, président du Conseil scientifique du groupe éditorial ISTE.
Avec près de 800 volumes prévus d’ici 2025. l’encyclopédie possède notamment une entrée en chimie et physique. Catherine Pinel, directrice de l’IRCELyon a été désignée responsable du chapitre sur la catalyse. En chimie analytique, c’est Nicole Jaffrezic, (laboratoire ISA, Université Lyon 1) à qui la mission a été confiée.

Wiley lance une nouvelle revue. Il s’agit de Natural Sciences, dont le premier numéro est prévu pour janvier 2021. La revue accepte des articles en chimie, physique et biologie, avec l’ambition d’être « la principale revue interdisciplinaire en open access publiant des recherches d’excellence » dans les trois domaines réunis.

AIP lance deux nouvelles revues. Il s’agit de Biophysics Reviews et Chemical Physics Reviews.

◘ LE SORT DES CHERCHEURS

Portrait de chimiste en temps de Covid. RSC poursuit sa série de portraits, avec celui de Pierre-Edouard Danjou, enseignant-chercheur en chimie organique à l’Université du Littoral Côte d’Opale. L’interruption causée par le confinement et la nouvelle organisation pédagogique avec les cours en ligne ont occasionné un délai conséquent dans ses travaux et “manips”, qu’il n’a pu reprendre que fin septembre. La profonde évolution des méthodes d’enseignement l’a amené à publier un article dans le Journal of Chemical Education intitulé : “Enseignement à distance des tutoriels de chimie organique pendant le Covid-19 : focus sur l’usage des vidéos et des réseaux sociaux.” Il y décrit le matériel artisanal rassemblé pour pouvoir faire cours tout en dessinant des molécules simultanément : un téléphone portable, une latte en bois et deux cartons.

Que deviennent les nouveaux doctorants à la fin de leur thèse ? C’est à cette question que tente de répondre une étude réalisée auprès de jeunes thésards américains. Pour la première fois depuis la fin des années 90, les docteurs en physique sont plus nombreux à signer un contrat permanent en 2018 (majoritairement dans le secteur privé) qu’un contrat de post-doc. Par ailleurs, les disparités salariales entre le secteur privé et académique sont béantes : un jeune docteur employé dans le privé gagnera en moyenne 50 000$ de plus chaque année que dans le laboratoire d’une Université. Côté français, le rapport biennal sur l’état de la recherche, publié le 22 octobre, conclut aussi à une attractivité décroissante du secteur académique pour les docteurs en sciences exactes. En 2017, 41,7% des chimistes ayant obtenu leur doctorat en 2014 travaillent dans le domaine académique, contre 49,3% pour la promotion de 2012. 

Institutions

Publications et données de recherche : les droits et les obligations des chercheurs. Que reste-t-il du droit d’auteur et de la réutilisation des publication une fois qu’un chercheur passe un accord avec un éditeur ? Un directeur de thèse est-il co-auteur ? Quid de la propriété des données ou des codes sources de logiciels : appartiennent-elles au chercheur ou à l’établissement qui l’emploie ? Un document issu du ministère de la recherche répond le plus pédagogiquement possible à des questions épineuses et en constante évolution. 

Rapport d’étape sur la politique des données en France. Confiée en juin 2020 au député Eric Bothorel, la réflexion a abouti à un rapport d’étape publié le 8 octobre, qui rappelle le cadre juridique des données considérées comme d’intérêt public en France (données administratives mais également les données scientifiques) et les freins à leur publication. Outre le surcoût financier que l’ouverture peut générer, l’auteur estime que la “politique de la donnée n’est pas incarnée en France”, le “réseau des administrateurs ministériels” étant “incomplet et peu dynamique”.

Lancement d’une consultation sur la politique publique de la donnée. La consultation est ouverte jusqu’au 9 novembre. Elle invite à réagir au constat dressé par la mission pilotée par le député Eric Bothorel. Elle prévoit aussi la possibilité de “contributions libres”. 

Les financeurs privés s’intéressent au Plan S. L’Institut Howard Hughes, premier financeur privé de la recherche biomédicale aux Etats-Unis, a annoncé son ralliement au Plan S. A partir de janvier 2022, toute publication issue d’un projet de recherche cofinancé par l’organisme devra être immédiatement mise à disposition en accès ouvert. 

L’Unesco publie son avant-projet de recommandation sur la science ouverte. Le texte appelle à réviser les modalités d’évaluation des chercheurs afin “de les mettre en conformité avec les principes de la science ouverte”. Il s’agirait notamment de valoriser “différentes formes de communication des connaissances, qui ne se résument pas à la publication dans des revues internationales évaluées par les pairs”. Il est par exemple proposé d’accorder plus d’importance “aux données et métadonnées FAIR de haute qualité ; aux logiciels, protocoles et flux de travail bien documentés et réutilisables ; et aux sommaires de résultats lisibles par ordinateur.” Les Etats sont par ailleurs invités à adopter des “accords collectifs définissant les pratiques communautaires en matière de partage des données, de formats des données, de normes relatives aux métadonnées, d’ontologies et de terminologies, d’outils et d’infrastructures.”

Etudes et enquêtes

Consultation des données et qualité des métadonnées : quand la pratique contredit la théorie. “Pourquoi certains jeux de données sont sur-consultés quand d’autres sont invisibles ?” C’est à cette question que deux chercheurs ont tenté de répondre dans un article publié début octobre dans le Journal of Information Science. Si le rôle des métadonnées détermine en partie le degré de visibilité, d’autres facteurs, plus incertains, sont à prendre en compte. En chimie (domaine qui représente 20% des données stockées dans Figshare, l’entrepôt étudié), les jeux de données bien décrits récoltent des scores de consultation légèrement supérieurs à ceux dotés de métadonnées très simplistes ou mauvaises, sans que l’on puisse pour autant conclure à un véritable décrochage de visibilité des seconds. Les auteurs avancent une explication d’ordre “culturel” qui amènerait les chercheurs à consulter en priorité les données issues des auteurs des plus influents de leur domaine. La “découvrabilité” des données issues de chercheurs moins réputés en serait affectée, indépendamment de l’effort produit pour qu’elles soient facilement identifiées et réutilisées. 

L’appropriation de la science ouverte par les chercheurs. Un pre-print publié dans MetaArXiv aborde la question de l’éloignement des chercheurs des enjeux de science ouverte, lesquels sont davantage pris en main par les instances politiques, les organismes de financement de la recherche ou les spécialistes de l’information scientifique et technique. Le document fait néanmoins référence à plus de 200 initiatives ou plateformes dites “grass roots”, créées par les chercheurs eux-mêmes ou en étroite collaboration avec eux, et dont ArXiv est l’un des exemples les plus connus. Parmi les autres exemples cités : Blue Obelisk et Open Force Field Initiative en chimie ou encore SciPost et Astrophysics Source Code Library en physique. 

Définir les futures priorités de la physique des particules. Intitulée “Snowmass 2021”, cette étude américaine compte identifier quelles sont les questions les plus importantes à l’heure actuelle dans le domaine de la physique des particules. Elle permettra par la suite d’établir les thèmes prioritaires que traiteront les physiciens américains dans les années à venir. “Le but premier de cette étude est d’élargir le champ de vision des physiciens”, explique Chris Quigg, le co-président de l’étude. 

L’intégrité scientifique en débat. Dans un post de blog publié mi-octobre,  George Gaskell, professeur à la London School of Economics, présente les résultats d’une étude européenne qui décline 9 actions potentielles pour lutter contre la fraude scientifique.  Parmi elles, la généralisation de formations des étudiants à la gestion des données et aux principes FAIR. 
Une tribune signée par un collectif scientifique, dont la société chimique de France et la société française de physique, dans le Monde du 13 octobre, abonde dans ce sens. « Les grandes déclarations internationales ou la charte française de déontologie des métiers de la recherche de 2015 n’ont pas suffi à freiner les méconduites scientifiques. Il faut investir davantage dans la formation aux bonnes pratiques. » Le texte appelle aussi à un renforcement des prérogatives de L’Ofis afin qu’il « puisse saisir la justice et demander aux tutelles de prendre des sanctions universitaires et professionnelles en cas de méconduite ».

Ouverture des données de recherche : appel à contributions. En vue de la conférence “E-Science-Tage” prévue en 2021, l’Université allemande de Heidelberg lance un appel à contributions jusqu’au 30 novembre. 

Visibilité et préservation des données de recherche

Déposer ses données : oui, mais où ? L’organisation FAIRsharing vient de publier une grille de 18 critères permettant aux chercheurs, bibliothécaires ou encore éditeurs de se poser les bonnes questions lors du choix d’une plateforme de dépôt de données de recherche. L’organisation COAR a entrepris une démarche similaire, avec près de 30 critères énumérés. Parmi les conditions énumérées figurent par exemple la modération des données et des métadonnées avant publication, l’origine des financements de la plateforme, ou encore l’attribution d’un identifiant tel que le DOI pour chaque jeu de données. Le “volume” accepté pour chaque dépôt ainsi que le coût afférent sont des éléments cruciaux du choix opéré par les chercheurs. Or, ces informations sont “difficiles à collecter” car non-publiques, peut-on lire dans le document. Sur le site de Datacc, nous avons fait l’effort de signaler ces informations autant que possible, dans un souci de transparence pour la communauté des chercheurs. 

Déposer ses données sur Zenodo : mode d’emploi. L’équipe-projet de Datacc a mis en ligne un tutoriel visant à faciliter la prise en main de Zenodo, plateforme développée par le CERN où le dépôt de données est libre et gratuit, dans la limite de 50 Go par dépôt.

Comment conserver les données non-numériques ? Qu’il s’agisse des cahiers de laboratoire papier, de cristaux ou de fossiles, les “données” ne se présentent pas toutes dans un format numérique. Numérisation, scanner 3D, photographie de très haute résolution… Ce document établi par OpenAire liste les solutions de préservation possibles. 

Préservation des données : les formats à privilégier.  Dans ce document synthétique rédigé par OpenAire, une comparaison des formats de fichier est proposée, en fonction de deux critères de pérennité : les formats acceptables et les formats recommandés.

Chercher et trouver des brevets. BibCNRS met en test la base TotalPatent One de LexisNexis jusqu’au 28 novembre 2020. Cette base rassemble 137 millions de documents issus de 107 offices. Un webinaire d’aide à la prise en main de l’outil est prévu le mardi 10 novembre 2020 à 11h. Par ailleurs, l’équipe IST du Cirad (CoopIST) publie une sélection de différentes ressources utiles pour la recherche de brevets. Google patents, l’INPI, Lens.org, l’USPTO et quelques autres vont aideront ainsi dans votre recherche de brevets.

CERN et Ecole des Houches

Le feu vert est donné pour la construction du “Portail de la science” au CERN. Le CERN va entamer la conception de son “Portail de la science” cet automne, afin de rapprocher science et société par le biais d’expositions, d’activités éducatives et d’un laboratoire ludique tout en conservant un lien très étroit avec la nature et l’écologie. La fin de construction de l’établissement est prévue pour fin 2022.

L’Ecole de Physique des Houches a reçu le label « site historique » de la Société Européenne de Physique. Créée par la physicienne et mathématicienne Cécile DeWitt-Morette il y a près de 70 ans, l’Ecole de Physique des Houches a reçu ce 5 octobre 2020 le label « site historique » de la Société Européenne de Physique (EPS – European Physical Society), décerné à des lieux qui ont contribué significativement au développement et à l’histoire de la physique en Europe. L’Ecole des Houches possède notamment une collection d’anciennes notes de séminaires que vous pouvez retrouver ici. Les séminaires d’été sont désormais diffusés en libre accès sur SciPost. 

Se former

Webinaire sur les data papers. Le groupe de travail inter-réseaux – Atelier Données de la MITI (CNRS) organise le jeudi 5 novembre 2020 de 9h30 à 12h30 un webinaire intitulé Data paper : une incitation à la qualification et à la réutilisation des jeux de données. Le formulaire d’inscription est disponible ici. 

Veille sur les formats. La  cellule Formats, chargée d’effectuer une veille sur les formats de fichiers depuis sa création en 2019, a pour objectif de réfléchir sur les formats des fichiers et leur archivage. Elle regroupe de nombreux acteurs comme la Bibliothèque Nationale de France, le CINES, les Archives nationales, INA, mais aussi le Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire et CEA. Deux webinaires de présentation sont prévus les 4 et 10 novembre.

Journée sur la gestion des données à l’Université de Lorraine : supports en ligne. Les vidéos et supports de cette journée consacrée à la gestion des données et organisée par la Direction de la Documentation de l’Université de Lorraine sont désormais accessibles. Parmi les nombreux intervenants,  Guillaume Geandier (Institut Jean Lamour) a présenté les “données de la recherche : le cas des sources synchrotrons en Métallurgie.”  

Présentation de l’outil DMP OPIDoR. Au cours de 3 sessions en ligne, les équipes de l’Inist vous présentent l’outil DMP OPIDoR, outil d’aide à la création en ligne de plans de gestion de données, et répondent à vos questions.