Bulletin de veille – Février 2024

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L’actualité dans vos domaines

Vers une science des matériaux centrée sur les données.  Plus de cinquante chercheurs en science des matériaux représentant une trentaine d’institutions proposent une feuille de route pour répondre à quatre défis : le volume et la variété croissants des données, l’agilité nécessaire à leur traitement, le besoin de contrôle de la fiabilité et de la qualité de ces données. Ils présentent méthodes, outils, et applications permettant de progresser vers une science des matériaux centrée sur les données.

A propos de « Digital IUPAC ». Dans un article publié dans Chemistry international, Leah McEwan, responsable du projet Worldfair Chemistry et Ian Bruno directeur du Cambridge Crystallographic Data Center, abordent les pratiques et les barrières à la réutilisation des données en chimie mais aussi les formats, les outils et standards numériques, développés dans le cadre de l’IUPAC. Cet article reprend le contenu d’un webinaire destiné à de jeunes chercheurs en chimie, réalisé dans le cadre de Chemvoices, un partenariat entre IUPAC et IYCN.

LinkAhead : un outil agile pour la gestion des données. Cet article présente un framework open source conçu pour intégrer des données hétérogènes, issues de collectes automatisées, d’entrepôts ou de cahiers de laboratoires électroniques. Il permet de faciliter la connexion et la description des données et offre des options de requêtage paramétrables. IndiScale, la société qui développe et valorise LinkAhead, suit les travaux de  l’ELN Consortium sur la standardisation des formats et vocabulaires. Le code et les guidelines de LinkAhead sont disponibles en ligne.

Plan de gestion des données (PGD) : des outils dans vos domaines. Dans le cadre du projet EPOS (en sciences de la terre), les auteurs de cet article proposent un guide adapté à la gestion des données de projets complexes, faisant appel à des infrastructures distribuées ou fédérées (Data Management Plan guidelines for federated research infrastructure). Ils soulignent l’importance de pratiques harmonisées et d’échanges constants entre les parties prenantes. Un autre article, publié dans Data Science Journal, présente l’utilisation de PMBOX (framework de gestion de projet très utilisé aux Etats-Unis) pour faciliter la rédaction d’un PGD en science des particules.

Des ontologies pour gérer des données de catalyse. Pourquoi  utiliser des ontologies ? Si elles contribuent à la fairisation des données en catalyse, elles sont souvent incomplètement décrites dans EBI OLS et BioPortal. Cet article, publié dans le Journal of Cheminformatics,  propose une méthodologie permettant de classer les ontologies par sous-domaine de la catalyse, de les comparer, de représenter les métadonnées associées. Les métadonnées et le code sont disponibles sur Github et voici une présentation de Ontologies4Cat.

Nouvel accord transformant entre la Royal Society of Chemistry et TIB (Allemagne). Le Centre d’Information pour la Science et la Technology Leibniz et la bibliothèque universitaire, TIB, annonce la signature d’un nouveau type d’accord, totalement transformant, dit platinium avec la RSC. Il concerne 77 établissements et couvre la période 2024-2028. Il permet aux auteurs de toutes les institutions membres, de publier leurs articles sans frais sous licence CC-BY, dans les revues hybrides ou full open access.

Cahiers de laboratoire électroniques / ELN

Nouvelle version d’eLabFTW. Le cahier de laboratoire libre et multidisciplinaire vient d’être mis à jour dans sa 5^e version. La modification majeure concerne la suppression de la version 1 de l’API REST mais de nouvelles fonctionnalités et améliorations sont aussi disponibles. Notons parmi elles, le transfert de propriété des expériences, l’ajout de nouvelles permissions de lecture/écriture pour les modèles d’expériences et les catégories de ressources, le classement des tags par ordre alphabétique, le choix d’archiver ou de verrouiller les expériences d’un utilisateur archivé… La première réunion de la communauté des utilisateurs d’ElabFTW qui aura lieu le 7 mars sera l’occasion de découvrir toutes ces nouveautés.

Cahier de laboratoire électronique Chemotion. Grâce à l’équipe du Département de Chimie Moléculaire de l’Université Grenoble Alpes, utilisatrice de Chemotion – un cahier de laboratoire adapté aux besoins de la chimie de synthèse -, nous avons mis à jour le benchmark Datacc sur les cahiers de laboratoire.

Science ouverte

LibScience : une librairie scientifique en libre accès. Il s’agit d’un outil de publication efficace, équitable et décentralisé. Les coûts de publication sont calés sur le modèle Diamant. En outre, les utilisateurs, les reviewers, les superviseurs seront récompensés avec des actifs numériques qu’ils pourront réutiliser pour publier à leur tour. L’idée est de créer un modèle économique circulaire vertueux. La propriété intellectuelle sera intégralement conservée par les auteurs et les manuscrits ne seront pas soumis à des droits d’exploitation. Après une année de maturation au sein d’Inria Startup Studio, à partir de début 2024 une première version intégrant la publication en archive ouverte décentralisée a été déployée.

OpenAlex, une alternative à Scopus et au Web of Science ? Le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche vient d’annoncer son soutien financier et collaboratif à la base de données bibliographiques Open Alex, élaborée par la société américaine à but non lucratif Our Research. Entièrement ouverte, cette base met à disposition les données bibliographiques des publications scientifiques. Dernièrement, plusieurs établissements tels que Sorbonne Université ou le CNRS ont annoncé qu’ils ne se réabonneraient pas à des bases bibliographiques propriétaires comme Scopus ou le Web of Science au profit d’OpenAlex. D’autres institutions telles que l’Ecole des Ponts ou la cOAlition S évaluent actuellement la qualité des données de cette base en comparaison avec des outils provenant d’éditeurs commerciaux. Voir les billets des blogs CarnetIST et de l’Institut Pasteur.

Ouverture de la plateforme data anr. L’Agence nationale de la recherche (ANR) vient de mettre en ligne une plateforme interactive d’accès libre à ses données. Son objectif est de favoriser la découverte et la réutilisation de jeux de données et de proposer des visualisations concernant les appels, programmes et projets financés par l’Agence.

Les logiciels scientifiques : leur valeur économique. Comment les institutions doivent s’organiser pour valoriser au mieux les logiciels de l’activité de recherche scientifique ? Dans un article publié sur Hal, Nicolas Jullien de l’IMT Atlantique, donne son avis sur comment valoriser les logiciels scientifiques. La valorisation scientifique (publication sous une licence libre, citation des utilisateurs, etc.) reste le moyen le plus adapté sauf dans le cas où le logiciel répond davantage à des besoins « industriels » et où une gestion de projet informatique est également nécessaire.

Accompagnement et support à l’Université de Lorraine. Le comité Opérationnel Codes et Logiciels de l’Université de Lorraine a élaboré un plan d’actions destiné à soutenir l’ouverture des codes et des logiciels issus de sa propre recherche scientifique. Il y a 4 axes d’action : sensibiliser et former, accompagner, consolider les outils, faire savoir et diffuser.

Du créateur de données au ré-utilisateur : la route est longue ! Dans ce pre-print, Christine Borgman (UCLA) et Paul Groth (Université d’Amsterdam) analysent les facteurs qui compliquent la réutilisation concrète des données à partir d’exemples issus de nombreuses disciplines. Ils montrent que la réutilisation est moins liée à la qualité intrinsèque d’un jeu de données qu’à la distance (technique, temporelle…) entre le créateur et l’utilisateur.

HAL, un outil de pilotage ? Comment les laboratoires utilisent HAL ? Quelle est sa valeur ajoutée ? C’est à ces questions que répond une enquête menée auprès de 50 laboratoires dépendant des dix universités de recherche Udice, dans le cadre du projet HAL/LO. Quatre labos sur cinq utilisent une ou plusieurs applications, en amont ou en aval de HAL pour l’alimenter ou l’exploiter. Les auteurs de l’enquête notent la place d’une approche pragmatique qui fait de HAL un outil pour le bon fonctionnement du laboratoire.

Quels impacts de la science ouverte ? Deux études abordent cette question, respectivement, sous l’angle sociétal et en termes d’innovation :

• A partir d’une analyse des publications scientifiques citées dans les brevets (“non patent  references”), un chercheur met en évidence un nombre de citations des publications en open access significativement supérieur à la moyenne dans certaines disciplines (en biologie, médecine et chimie). Lire le preprint.
• Cette revue de la littérature analyse, à partir d’une sélection de 196 études, différents types d’impacts de la science ouverte (sur l’éducation, l’environnement et le climat, l’implication sociale, la politique, etc.). Si elle est considérée principalement sous l’angle des sciences participatives (80% des études analysées), l’open access et l’open code sont aussi abordés. 

Guides et ressources

3 nouvelles ressources DORANum à votre disposition :

• une ressource sur l’intégrité scientifique : Qu’est-ce que l’intégrité scientifique ?
  
• une ressource qui concerne l’Inserm : L’intégrité scientifique et la reproductibilité à l’Inserm
• une guide sur Lodex, un logiciel open source dédié à la valorisation de données structurées : Lodex : outil pour la publication d’un jeu de données.