Bulletin de veille – Février 2021

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L’actualité dans vos disciplines…

ACS rejoint DORA mais s’oppose au Plan S. A l’instar de l’Université de Lyon 1 en décembre, la société savante American Chemical Society vient de signer la Déclaration de San Francisco sur l’évaluation des chercheurs, aussi connue sous le nom de DORA. Par cette signature, ACS s’engage à respecter les 5 recommandations applicables aux éditeurs, lesquelles prévoient de “réduire considérablement l’importance accordée au facteur d’impact comme outil de promotion, idéalement en cessant de le promouvoir ou en présentant ce paramètre dans le contexte d’une variété d’indicateurs basés sur les revues”. En revanche, ACS a rallié le collectif d’éditeurs opposés au Plan S, au terme duquel les chercheurs seraient en mesure de déposer dans une archive ouverte la version auteur acceptée, voire la version finale de leur article, avec une licence CC-BY et sans aucun délai d’embargo. Cette option s’appliquerait notamment dans le cas où le chercheur souhaite publier son article dans une revue classique sur abonnement, s’affranchissant ainsi des frais de publication en accès ouvert, souvent très onéreux. 

Nouvelle revue en open access chez ACS. ACS a annoncé ce mois-ci la mise en place d’une nouvelle revue en open access consacrée à l’étude des polymères et des différents champs disciplinaires qui s’en rapprochent. Les manuscrits peuvent d’ores et déjà être soumis pour une future publication.

Nouvelles revues chez Chemistry Europe. La société chimique de France signale dans sa dernière lettre d’information le lancement de trois nouvelles revues sous l’égide de Chemistry Europe. Analysis & Sensing regroupe la chimie analytique, bioanalytique, et les méthodes spectrométriques de base et appliquées. Chemistry – Methods recouvre toutes les méthodes appliquées à la chimie comme la catalyse, l’imagerie et les méthodes de synthèse. Electrochemical Science Advances concerne la totalité des sciences électrochimiques en passant par la science des matériaux et l’ingénierie, puis la bioélectrochimie et électroanalytique.

Publication frauduleuse dans le Journal of Nanoparticle Research. L’incident est rapporté par l’éditeur lui-même, qui se dit victime d’un réseau “organisé et sophistiqué”. Le comité éditorial de cette revue publiée par Springer a d’abord été sollicité par des chercheurs britanniques et allemands proposant une édition spéciale sur le thème des nanotechnologies et les objets connectés dans le domaine de la santé. En réalité, les adresses emails des chercheurs en question ont été détournées par des imposteurs, qui se sont eux-mêmes chargés du peer-reviewing des articles. Pas moins de 19 articles ont ainsi été acceptés, dont certains mis en ligne, avant que Springer ne se rende compte de la supercherie.

Physique nucléaire : les données INIS accessibles à tout l’ESR. Le Système d’Information Nucléaire International (INIS) s’ouvre à l’Enseignement supérieur et la recherche. Ses contenus sont désormais accessibles à toutes les institutions ayant déclaré leurs adresses IP dans les Licences Nationales. Ce site, fruit d’une collaboration entre l’Inist-CNRS et le CEA, expose la base INIS de l’Agence Internationale de l’Energie Atomique avec des fonctionnalités de recherche avancées et des outils de veille scientifique.

Lancement d’un éditeur de spectres en ligne. Développé par les auteurs de l’ELN Chemotion et de Chemotion-repository, ChemSpectra s’ajoute désormais à la liste des logiciels web s’adressant particulièrement aux chimistes organiciens. L’outil permet de visualiser et analyser des données de spectroscopie et spectroscopie infra-rouge, spectrométrie de masse et NMR. Un certain nombre de formats sont acceptés : JCAMP-DX, mzML, RAW et FID. Une démo de l’outil est disponible ici.

Rapport annuel arXiv : métadonnées disponibles pour le data mining. Paru fin 2020, le rapport dresse un état des lieux des avancées de la plateforme. On notera notamment la mise à disposition d’un jeu de données au format JSON agrégeant toutes les métadonnées relatives aux dépôts disponibles sur arXiv. Lisible par la machine, ce jeu de données a déjà fait l’objet de plusieurs analyses dont les codes sont disponibles ici.

Les entrepôts de données open source Zenodo et Dryad s’unissent pour augmenter la visibilité des codes informatiques mis en ligne. Il est désormais possible d’envoyer des fichiers vers Zenodo lors du processus de dépôt de données dans Dryad, annoncent les équipes des deux plateformes. Il s’agit de tous les éléments utilisés pour traiter et récupérer les données : scripts, code et logiciels spécialisés. Les déposants peuvent choisir la licence qu’ils veulent appliquer à leurs fichiers parmi celles proposées par Zenodo.

Cahiers de laboratoire électroniques

Retour d’expérience d’un biophysicien. Organisé à l’initiative de l’équipe-projet de Datacc, un webinaire rassemblant une centaine de participants s’est tenu le 3 février autour de Sylvain Monnier, chercheur en biophysique de l’Institut Lumière Matière de Lyon 1. Celui-ci est revenu sur l’usage d’elabFTW au sein de son équipe. Pour en savoir plus ou visionner les échanges, cliquez ici. 

Une nouvelle solution s’ajoute au tableau des ELN. Le cahier de laboratoire électronique LABY, développé par la société KILY basée à Montpellier fait désormais partie du recensement des solutions décrites sur Datacc.org. Il dispose notamment d’un éditeur de molécules et d’un module de gestion avancée des équipements du laboratoire. L’outil est installable localement, donnant un accès direct à toutes les informations du cahier via la base de données et permettant de garder le contrôle sur les données.

Retour de l’enquête CNRS sur les cahiers de laboratoire électroniques. Lancée fin juin et clôturée début septembre 2020, l’enquête comptabilise un peu plus de 1000 réponses, dont 232 issues de l’Institut National de Chimie et 73 de l’Institut National de Physique. Les chercheurs de ces deux disciplines font partie des plus sensibles aux risques de pertes de données (respectivement 63% et 51% d’entre eux ont mentionné ce risque) et de pérennité de l’outil dans le temps (57% et 59%). Le besoin d’interconnexion avec les systèmes existants est par ailleurs soulevé : système de gestion des stocks pour la chimie et lien avec des applications de travail quotidiennes pour la physique.

Science des matériaux : un cahier de laboratoire électronique combiné avec un entrepôt de données. Adossée au Karlsruhe Data Infrastructure for Materials Science,  l’initiative Kadi4Mat vise à améliorer la gestion et l’échange des données en science des matériaux en proposant un outil open source rassemblant les deux fonctionnalités en une. Un article publié en février 2021 dans la revue Data Science en résume les principaux enjeux. Le cahier de laboratoire électronique a été développé afin d’avoir des workflows flexibles, automatiser et retrouver toutes les parties d’une activité de recherche. La partie entrepôt de données met l’accent sur le format des données et les métadonnées, en proposant des templates pour faciliter leur mise en forme. 

Edition scientifique

PLOS ouvre ses publications aux protocoles d’expérience. Deux nouveaux types de publication sont désormais acceptés par la revue. D’une part, le protocole d’étude, qui représente la feuille de route d’un projet de recherche avant son lancement. D’autre part, le protocole de laboratoire, structuré selon le modèle de la plateforme protocols.io puis documenté dans un article qui sera évalué par la revue.

Des articles issus de centaines de revues “prédatrices” indexées dans Scopus. Selon une étude réalisée par des économistes tchèques, 164 000 articles publiés entre 2015 et 2017 ont été indexés dans Scopus, base de données commercialisée par Elsevier, ce qui représente près de 3% du total des articles indexés dans Scopus pendant cette période. Les auteurs ont listé dans ce document placé en annexe de l’article les revues concernées. 

Sci-Hub, un booster de performance métrique ? Selon une étude menée par des chercheurs issus de l’École supérieure d’économie de Prague et de plusieurs établissements latino-américains, les articles téléchargés sur Sci-Hub pouvaient avoir un taux de citation jusqu’à 2,21 supérieur à ceux qui sont consultés par les canaux habituels. Les articles pris en compte sont issus de 12 revues en sciences sociales et neurosciences. 

Un résultat qui serait cependant à relativiser. D’une part, ces conclusions seraient en contradiction avec d’autres résultats menés sur le sujet. D’autre part, l’étude ne démontrerait pas que Sci-Hub est la “cause” d’un taux de citation plus élevé. 

IOP Publishing : 1er accord transformant en Finlande. Après la Pologne en novembre, la Finlande devient le 15e pays au sein duquel un accord ‘transformant’ est conclu avec IOP sur l’open access payant. Par cet accord, les auteurs soutenus par le Technical Research Centre of Finland (VTT) bénéficient de la possibilité de publier dans les revues dites ‘hybrides’ appartenant à IOP et ses partenaires sans verser de frais de publication pour chaque article publié. Les chercheurs gardent leurs droits d’auteur, leurs articles étant publiés sous licence CC-BY. Cet accord est représentatif du modèle “auteur payeur” qui fait débat dans les communautés.

Tribune : “Qui veut la peau des archives ouvertes ?” Face aux récentes prises de positions de certains éditeurs tels que la Royal Society ou encore Springer, qui discréditent la pertinence des archives ouvertes en pointant la “confusion” régnant sur la version des articles qui y sont déposés, le club des utilisateurs de Hal (CasuHal) publie une tribune en complément de la réponse de COAR (Confederation of Open Access Repositories).  Les auteurs soulignent la pertinence des archives ouvertes (ou green OA), qu’il s’agisse du référencement, des versions déposées, de l’intégrité scientifique, des licences et des coûts. “Les grands éditeurs proposent des APC en fonction du prestige de leurs revues et des options de licences ouvertes désirées, ce qui implique des tarifs généralement très importants par article. De plus, à l’instar des abonnements, rien n’indique que ces tarifs n’augmenteront pas au fil des années.”

Lancement du réseau allemand de reproductibilité scientifique. Fondé en janvier 2021, le réseau allemand de reproductibilité (German Reproducibility Network) a été rejoint par 8 organismes (comme Berlin University Alliance). Ce consortium vise à accroître la fiabilité et la transparence de la recherche scientifique en favorisant les liens entre les initiatives locales ou thématiques de reproductibilité et conseiller les institutions sur la manière d’intégrer les pratiques de science ouverte dans leur travail.

Etudes et enquêtes

Publications scientifiques : la France perd du terrain au niveau mondial. Le dernier rapport de l’Observatoire des Sciences et Techniques classe la France au 9e rang mondial sur la période 2005-2018 en termes de volume de publications, soit un déclin de 3 places par rapport à la précédente étude. Pour la première fois, la Chine devance les Etats-Unis. Ces derniers restent en revanche en tête du classement des publications les plus citées, la France occupant le 8e rang. En termes de spécialité disciplinaire, le profil de la France est davantage axé sur les mathématiques, l’étude du passé humain et les sciences de l’univers. En revanche, l’indice de spécialisation chinois est beaucoup plus marqué en chimie de synthèse, chimie physique et analytique et ingénierie des produits et des procédés.

Enquête INRAE sur les plans de gestion de données (PGD). Réalisée auprès de 124 personnels INRAE, l’étude indique qu’une moitié des sondés a déjà rédigé un PGD dans le cadre d’une activité de recherche. Parmi les répondants, 25% déclarent que les exigences légales et droits de propriété intellectuelle leur ont posé problème, 19% ont rencontré des difficultés pour la documentation et la qualité des données et 16% pour la conservation des données sur le long terme. Enfin, seuls 5% des répondants déclarent avoir partagé publiquement leur plan de gestion des données.

Résultats négatifs : un nouvel état des lieux sur la “science invisible”.  Un article publié par des chercheurs brésiliens revient sur cet enjeu dont nous avions soulevé l’importance en novembre dernier, à l’occasion de la publication d’une ressource dédiée. Les auteurs reviennent sur le rapport des chercheurs vis-à-vis des données négatives et les freins à la publication de ceux-ci. Une trentaine de revues acceptant des résultats négatifs sont citées, dont le réseau de revues “All results journals” toujours actif en biologie. En chimie et physique, le rythme de parution semble plus aléatoire, voire moribond. 

Quelle solution retenir pour le futur entrepôt de données français ? A l’occasion d’une intervention le 11 février, Jean-Christophe Desconnets (IRD) a exposé les différents scénarios qui peuvent inspirer la création d’un entrepôt de données en France, avec des niveaux de mutualisation d’infrastructures plus ou moins forts. Plusieurs exemples tirés d’expériences à l’étranger ont été cités, comme l’entrepôt Dataverse de l’Université de Tromso en Norvège ou encore DANS aux Pays-Bas. 

L’intelligence artificielle à la place du peer reviewing humain ? Un article co-signé par des chercheurs de l’Université de Sheffield et de Rome (Tor Vergata) explore la possibilité d’automatiser en partie le travail d’évaluation des articles scientifiques. Il ne s’agirait pas d’une substitution intégrale au travail humain, mais plus d’une assistance permettant de gagner du temps sur l’éligibilité de l’article (qualité de langue, risque de plagiat, sujet de recherche) tout en diminuant le “biais socio-culturel” des relecteurs. Les chercheurs ont ainsi mis au point un outil basé sur l’intelligence artificielle qu’ils ont confronté à 3300 manuscrits issus de trois conférences.

La science ouverte chez les doctorants et jeunes chercheurs. Une étude réalisée auprès de 568 doctorants de l’Institut Max Planck compare les besoins et affinités des jeunes chercheurs à l’égard de la science ouverte. Sur une échelle de 0 à 6, les chimistes et physiciens interrogés estiment le besoin de partager leurs données entre 3 et 4. Sur les 12 mois précédant l’étude, 25% seulement indiquent avoir publié leurs données de recherche et 45% prévoient de le faire sur les 12 prochains mois. En sciences humaines et biologie-médecine, l’écart est encore plus marqué : 30% ont publié leurs données de recherche sur les 12 derniers mois et 70% prévoient de le faire dans l’année qui vient. 

La plupart des chercheurs partagent leurs données mais sont insatisfaits de la possibilité de réutiliser celles des autres. C’est la conclusion qui se dégage d’une étude publiée pour le moment sous forme de pré-print. Selon les auteurs, seuls 12% des chercheurs interrogés n’ont jamais partagé leurs données de recherche (principalement en médecine). Néanmoins, la culture du partage des données ne résout pas tous les problèmes. Seuls 41% des sondés estiment qu’elle leur permet de passer moins de temps à identifier des données réutilisables. 

Étude sur les pratiques de publication de codes sources au sein de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Commandée par Etalab, l’étude sur l’« ouverture des codes sources au sein de l’Enseignement supérieur et la Recherche » avait pour objectif de dresser un état des lieux des pratiques de publication de codes sources au sein de l’ESR, de lister les logiciels open source créés dans l’ESR et d’étudier les politiques d’établissement vis à vis de l’open source (utilisation et diffusion). L’étude propose enfin 30 recommandations, parmi lesquelles : l’amélioration du recensement des projets open source et la mise à disposition de  formations.

Enquête sur la situation socio-professionnelle des ingénieurs et scientifiques. L’association Ingénieurs et scientifiques de France (IESF) invite les ingénieurs et scientifiques à répondre à son enquête  ouverte jusqu’au 31 mars.

Intégrité scientifique

Rapport sur l’intégrité scientifique dans l’ESR. Les dispositifs de prévention en faveur de l’intégrité scientifique dans les établissements d’enseignement supérieur et de recherche ont fait l’objet d’un rapport par l’IGESR qui émet 12 recommandations. Outre la nécessité d’augmenter la visibilité des référents intégrité scientifique, le rapport insiste sur l’obligation de formation à l’intégrité scientifique pour tous les doctorants. Il s’agit également de favoriser la désignation dans chaque laboratoire d’une personne-ressource sur les bonnes pratiques. 

Conférences sur l’éthique de la recherche et la protection des données personnelles. Le réseau des délégués à la protection des données (Data Protection Officer) a mis en ligne un cycle de conférences sur l’éthique de la recherche et la protection des données. Parmi les thèmes abordés : évaluer le risque d’un projet de recherche ou encore les fondamentaux de l’éthique de la recherche et de la protection des données personnelles.