IMEx Consortium
IMEx est un consortium regroupant plusieurs bases de données.
Les informations suivantes s’appliquent à toutes les bases de données du consortium, mais chacune d’entre elles est libre de proposer des critères supplémentaires de dépôt.
Il est conseillé de prendre contact avec le consortium (intact-help@ebi.ac.uk) pour déposer des données sur l’une des bases de données mises en place.
- Domaine(s) Biochimie, Chimie moléculaire, Sciences du vivant
- Site http://www.imexconsortium.org/
- Institution porteuse EMBL-EBI (Institut européen de bioinformatique, fait partie du laboratoire européen de biologie moléculaire EMBL)
- Lien avec les publications
Obligatoire s’il existe une publication, il est toutefois possible de déposer des données avant la publication afin d’obtenir un identifiant pérenne à référencer dans la publication.
- Identifiant pérenne Attribution d'un numéro d'accès unique/identifiant IMEx pour permettre le référencement dans des articles
- Licence(s)
Toutes les bases de données du consortium proposent la licence CC BY 2.5 mais certaines permettent de choisir des licences libres plus restrictives (par exemple : DIP publie ses contenus sous la licence CC BY ND 3.0, MBInfo sous la licence CC BY NC 4.0), il sera donc important de vérifier pour chacune d’entre elles.
- Possibilité d'embargo
Les données relatives à un article qui ne serait pas encore publié ne sont pas rendues publiques et sont sécurisées avant la publication.
- Standard des métadonnées
Données d’interactions moléculaires provenant d’expériences.
Les données doivent être compatibles avec le standard MIMIx (plus d’informations ici).
Le consortium encourage à utiliser le vocabulaire contrôlé produit par le groupe de travail HUPO-PSI (Proteomics Standard Initiative) de l’organisation du protéome humain (HUPO).
Les informations minimales à fournir lors du dépôt d’un jeu de données sont décrites ici. - Type de données
Les déposants de données peuvent les soumettre au choix, aux formats suivants :
– XML en suivant le standard PSI-MI pour les interactions moléculaires
– Fichiers excel (un fichier excel préformaté est disponible ici, dans la section « Data Submission by Excel Sheet »)
– Si les données portent sur un petit nombre d’expériences d’interactions, le consortium accepte des copies du manuscrit correspondant avec les schémas. - Services associés
Le consortium s’occupe de la curation des données, tant pour les données versées par les déposants que pour des données accessibles en libre accès dans d’autres bases de données.
Les bases de données du consortium ont toutes accepté les mêmes lignes directrices pour la curation des données (certaines peuvent imposer des règles plus strictes).
Les règles de curation sont expliquées dans le manuel de curation (disponible ici, section « Curation Rules »). - Volume Les versements de données ne sont pas limités en taille.
- Coût Gratuit
- Contacts
intact-help@ebi.ac.uk