Déposer ses données en ligne : où et comment ? - Chimie - Spectrométrie

Global Natural Product Social Molecular Networking (GNPS)

  • Domaine(s) Chimie, Spectrométrie
  • Site https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/static/gnps-splash.jsp
  • Institution porteuse Université de Californie à San Diego
  • Lien avec les publications

    Non obligatoire

  • Certification(s) Aucune
  • Identifiant pérenne Aucun
  • Licence(s)

    CC0 par défaut (domaine public).

  • Possibilité d'embargo

    Les données déposées dans GNPS ne sont pas publiques par défaut.
    L’auteur du dépôt a la possibilité de partager l’URL de ses données à des tiers pour consultation s’il ne souhaite pas les rendre publiques.

  • Standard des métadonnées

    Plusieurs standards sont acceptés :
    – le ReDU Sample Information Template utilisant le format tsv (tab-separated file).
    – un lien Google Sheets se conformant à la structure de l’entrepôt (exemple).
    – un fichier .txt en séparant bien les colonnes avec des tab.

  • Type de données

    L’entrepôt accepte les fichiers de spectrométrie de masse aux formats : .mzXML, .mzML, .mgf
    Les formats suivants ne sont en revanche pas acceptés : .mzData, .xml, .raw, .RAW, .wiff, .scan, .d, .cdf

    Un guide de conversion de fichiers de spectrométrie de masse est disponible ici, notamment pour aider à convertir des formats propriétaires en formats ouverts.

    D’autres types de données acceptés par l’entrepôt sont décrits sur cette page.

  • Services associés

    De nombreux d’outils d’analyse de spectres sont accessibles directement depuis la plateforme. La liste est disponible ici.

    GNPS est interconnecté à l’entrepôt MassIVE (financé par le NIH), permettant l’accès et le dépôt de jeux de données de spectrométrie de masse.
    Depuis GNPS il est possible d’accéder à des jeux de données de MassIVE, les analyser et même déposer ses données dans MassIVE.

  • Coût Gratuit
  • Contacts

    Contacter l’administrateur : ccms-web@cs.ucsd.edu

    Forum : https://groups.google.com/g/molecular_networking_bug_reports