Actualités - Actu en bref

Bulletin de veille – Novembre 2020

L’actualité dans vos disciplines

Les données FAIR au synchrotron européen. La lettre d’information ESRF news revient sur l’enjeu des données au sein l’accélérateur d’électrons, qui génère actuellement 30 téraoctets de données par jour. Si les membres de l’ESRF ont commencé dès 2008 à réfléchir à la gestion des données, c’est en 2015 que la structure a formalisé sa politique, en utilisant les technologies adéquates, comme ICAT pour les métadonnées. Les métadonnées sont générées automatiquement et les données brutes sont conservées pendant 10 ans. Chaque équipe garde une exclusivité sur les données pendant trois ans, avant que celles-ci ne soient rendues disponibles sur le portail ICAT. Pour plus d’information, voir la ESRF Data Policy.

Data mining en chimie. Du 9 jusqu’au 13 novembre a eu lieu une série de webinaires portant sur l’ouverture de la science appliquée à la chimie. Les présentations se sont articulées autour de trois thèmes : la publication en open access, la gestion des données et l’utilisation d’outils open source en chimie. L’une des présentations portait sur l’exploration automatique de données depuis des entrepôts tels que Chembl, PubChem, Drugbank et Metrabase. Dans le projet mené, l’extraction de données a été paramétrée grâce à un workflow mis au point en un mois. La complexité de cette démarche réside dans la compréhension puis l’utilisation des différentes API de chaque entrepôt dans le but de récupérer les informations voulues.

Science ouverte, chimie et Covid. Le 17 novembre dernier s’est tenue la première conférence « Chemistry Open Virtual Symposium” organisée par Chemistry Europe. L’occasion de présenter divers outils utilisés par les chimistes dans le contexte des recherches sur le Covid-19. On retrouve notamment Authorea, un site facilitant la diffusion des articles en preprint ou encore le cahiers de laboratoire électronique LabArchives. Autre outil mentionné : le robot SCINDR (pour SCience INtroduction Robot) qui aura pour objectif d’alerter les chercheurs sur des recherches menées sur une molécule ou une réaction à partir de données entrées dans un cahier de laboratoire électronique open source, ainsi que dans la base de données PubChem.

Doublement de la proportion de revues en open access en chimie en moins de 10 ans. C’est la conclusion tirée par Clair Castle, de la bibliothèque universitaire de Cambridge, lors d’un atelier sur les publications ouvertes organisé par RSC le 10 novembre. En 2010, 12% seulement des revues en chimie étaient en accès ouvert, contre 26% en 2018. En revanche, parmi les revues en chimie à plus haut facteur d’impact, seules 3 sont en accès ouvert. 

Quelle est la plus-value de l’évaluation par les pairs des articles en chimie ? Une étude, encore à l’état de preprint et parue le 11 novembre, examine les différences entre la version initiale d’un manuscrit et sa version commentée par les pairs. En s’appuyant sur les plateformes ChemRxiv et Preprints, l’auteur conclut à une faible proportion de modifications qu’il s’agisse du corps de l’article, du titre ou du résumé. L’étude n’est toutefois réalisée que sur un échantillon réduit de 10 articles.

Le fonds national pour la science ouverte va appuyer les publications sur les recherches en acoustique. La société française d’acoustique fait partie des lauréats de l’appel à projets du FNSO. Le but : “créer un portail de publication des Archives européennes d’acoustique, pour consolider la revue Acta Acustica publiée en accès ouvert par la Société française d’acoustique via EDP sciences”. Le fonds soutiendra également SciPost, plateforme de publication scientifique en accès ouvert construite sur un modèle non lucratif. 

Une nouvelle revue en open access chez IOP. La revue, intitulée Environmental Research: Infrastructure and Sustainability (ERIS), intègre une nouvelle collection lancée par IOP :  Environmental Research series. D’autres titres compléteront en 2021 cette série. Chaque auteur devra débourser 2040 € pour pouvoir publier. A noter : cette nouvelle revue insiste sur la transparence des données, suivant en cela la politique générale d’IOP. Il est dès à présent possible de soumettre un article à la revue, dont le périmètre est indiqué ici. La composition du bureau éditorial est détaillée

La Pologne et IOP s’accordent sur l’open access payant. Par cet accord, les auteurs des institutions participant au consortium polonais, bénéficient de la possibilité de publier dans les revues appartenant à IOP, les APC étant gérés au niveau national. Les chercheurs gardent leurs droits d’auteur, leurs articles étant publiés sous licence CC-BY. Il sera également possible à la communauté scientifique polonaise d’accéder librement aux contenus des revues IOP. La Pologne rejoint ainsi 14 autres pays ou institutions qui ont signé des “accords transformants”, comme l’Allemagne, la Suède, la Norvège, le Royaume-Uni ou le CERN. Ces accords accompagnent le développement du modèle “auteur payeur” qui fait débat dans les communautés.

Cours en ligne d’introduction à l’informatique quantique. Le CERN propose des cours en ligne accessibles à tous pour découvrir l’informatique quantique entre le 6 novembre et le 18 décembre.

Institutions 

Plan données de la recherche du CNRS. Le document, dévoilé le 16 novembre, dresse les actions que le CNRS entend mener afin de résoudre les enjeux de stockage et d’ouverture des données de recherche. ‘Si un laboratoire pose la question « où pourrais-je stocker mes données ? », il n’obtient pas de réponse’, peut-on lire dans cette feuille de route, qui fait état des manquements actuels. Outre la création d’une “direction fonctionnelle des données ouvertes” au CNRS, le document s’attarde notamment sur l’adoption de solutions numériques de cahiers de laboratoire. “Il est nécessaire de prendre position en faveur du principe d’adoption du cahier de laboratoire électronique au CNRS (remplacement des cahiers papier) et de faire des recommandations/obligations sur les caractéristiques de l’outil adopté, en termes de conservation, traçabilité, pérennité et accessibilité des données et de l’outil.” Il est également question de réviser les critères d’évaluation des chercheurs en prenant en compte la production de données réutilisables.

Horizon Europe, les évolutions en vue. La tenue de discussions début octobre ont permis de lever un coin du voile au sujet des nouvelles recommandations adressées aux chercheurs bénéficiant des fonds de l’UE. Dans le cadre de Horizon Europe, les articles devront être accessibles librement, les possibilités d’embargo étant restreintes. Les métadonnées devront toujours être rendues publiques. A terme, il est question de devoir verser les données issus des projets Horizon Europe dans un entrepôt agréé par EOSC (cloud européen sur la science ouverte).

L’UE lance sa propre plateforme de publications d’articles et de données pour les projets H2020. Lancée le 26 novembre, la plateforme Open Research Europe accueille des publications et leurs données sous-jacentes dans des disciplines variées dont les sciences naturelles et l’ingénierie. Il n’y a pas de frais de publication et le processus de reviewing est ouvert. Toutes les publications découlant de projets H2020 sont bienvenues, y compris les résultats négatifs : “Open Research Europe welcomes positive, negative or null studies, replication studies and refutation studies equally”. De manière concrète, une fois soumis, le manuscrit est publié dans un délai de 10 jours sous forme de pré-print, avant la relecture par les pairs. L’identité et les commentaires de ces derniers sont entièrement publics. Les auteurs sont encouragés à déposer les différentes versions de leur article tout au long du reviewing. Pour plus d’informations : le guide pour les auteurs et le guide des données. Plusieurs entrepôts de données sont recommandés en chimie dans cette partie

« L’évaluation par les pairs est imparfaite mais utile. » C’est ce qu’affirme Marin Dacos, conseiller science ouverte du ministère de la recherche, dans une interview pour le journal La Croix. Il revient également sur le besoin de modèles de publication alternatifs distincts du “gold”, dans un secteur où les éditeurs privés engrangent des bénéfices très élevés. 

Rapport de l’Académie royale de Belgique sur la science ouverte. Ce rapport publié en novembre aborde l’évaluation de la recherche, grandement influencée par des indicateurs peu fiables et mal utilisés tels que le H-Index, et l’Impact factor. Le groupe de travail propose sur ce point de nouveaux critères d’évaluation : la volonté de placer les productions scientifiques en accès ouvert, la contribution du chercheur à sa propre communauté et le temps consacré à la formation des doctorants. Une autre idée émise repose sur l’auto-évaluation, où le chercheur doit lui-même sélectionner et expliquer ses productions majeures.

Éviter les revues prédatrices. L’Université de Liège a développé un outil (en version bêta) permettant de vérifier l’authenticité d’une revue en open access et d’éviter le piège des revues dites prédatrices. 

Thierry Coulhon nommé président du Hceres. Mathématicien de formation, il compte notamment oeuvrer, pendant son mandat, à la “nécessaire simplification des évaluations et une meilleure prise en compte du temps des évalués”. Lire le communiqué.

Données négatives 

Recensement de l’état de la littérature sur les données négatives. Quelles sont les revues qui acceptent des résultats dits “négatifs” ? Quelle est la part des résultats négatifs dans la littérature scientifique, en comparaison avec les résultats dits “positifs” ? Tentative de réponse dans ce nouveau contenu publié sur Datacc

Identifier les revues qui acceptent des résultats négatifs. Une application Shiny, baptisée fiddle, a été conçue pour aider les chercheurs en biomédecine à identifier le type de plateformes susceptibles d’accueillir des productions scientifiques souvent rejetées par les éditeurs, comme les résultats négatifs. Pour comprendre la démarche et la conception de l’outil, lire l’article.

Enquêtes

Ouverture des données : la discipline et le facteur d’impact comme leviers. Les résultats d’une étude sud-coréenne portant sur 700 revues conclut à l’adoption de politiques d’ouverture des données plus fortes par les revues ayant un facteur d’impact élevé. Un constat particulièrement valable en sciences de la vie, tandis que les revues en physique ont tendance à plutôt avoir des politiques moins volontaristes. 

Supports du webinaire Data paper – une incitation à la qualification et à la réutilisation des jeux de données. Les supports et les vidéos du webinaire du 5 novembre consacré aux datapapers sont accessibles sur DoraNum. Parmi les présentations, quelques retours d’expérience. A noter : les datajournals ne représentent que 0,5 % des revues académiques et seulement 0,1% des articles mais leur nature est susceptible d’ouvrir des perspectives intéressantes selon Joachim Schöpfel (Université Lille 3, laboratoire GERiiCO).

Evénements

Horizon Europe : les nouvelles modalités pour les candidats. Un webinaire organisé le 1er décembre à 9h par le réseau Europe Recherche Innovation Hauts-de-France et Enterprise Europe Network abordera les attendus du programme européen de recherche. Informations et inscriptions ici.

Webinaire de Springer sur les données de la recherche. La session est prévue le 8 décembre à 11h30. Informations et inscriptions ici.

Le prochain meeting annuel d’ACS au printemps 2021 sera virtuel. Prévu initialement à San Antonio en mars prochain, le meeting annuel de l’American Chemical Society se déroulera entièrement en ligne, du 5 au 16 avril. Le thème annoncé pour ces deux semaines de présentation est le suivant : “Macromolecular Chemistry: The Second Century”. Les inscriptions pour participer à cet événement seront ouvertes à la mi-janvier. Les frais d’inscription s’élèvent à 149 $ pour les non-membres d’ACS et à 29 $ pour les étudiants. Plus d’informations ici.

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