Bulletin de veille – Juin 2020
Ce bulletin est élaboré par l’équipe-projet de Datacc’. Il s’agit d’un prototype qui précède le lancement prochain d’une lettre d’information.
- L’actualité dans vos disciplines…
- Enquêtes et analyses
- Le point de vue des institutions
- Reproductibilité
- Les chimistes à l’heure de la Covid-19
- Evénements à noter
L’actualité dans vos disciplines…
Pré-prints en chimie. Dans un article intitulé “L’essor des preprints en chimie” et publié dans Nature Chemistry, François-Xavier Coudert, directeur de recherche à l’Institut de chimie de Paris, retrace l’évolution de cette pratique dans une discipline qui a adhéré à la plateforme jumelle d’arXiv, dite ChemrXiv, en 2017 seulement, quand les physiciens avaient lancé le principe des serveurs de pré-prints dès 1991. La chimie computationnelle, la chimie des matériaux et la chimie organique représentent la moitié des pre-prints publiés dans ChemrXiv. L’auteur précise que cette plateforme supporte les données sous-jacentes des publications dans des formats lisibles par la machine, afin de faciliter leur réutilisation. Cette possibilité va plus loin que les traditionnels “supporting materials” habituellement communiqués sous forme de pdf et adossés à l’article d’une revue.
Publications en géochimie : la note est salée. Dans un article mis en ligne le 8 juin 2020, Olivier Pourret, chercheur en géosciences à l’Institut Polytechnique UniLaSalle, revient sur l’enjeu des publications dans son domaine, où le montant total des frais versés aux éditeurs (article processing charges) excède 7 millions de dollars par an. Dans un article complémentaire, le même auteur note que ces sommes “ne sont pas réinvesties dans la communauté”. “Etant donné la valeur immense des pré-prints, réinvestir cette valeur dans des initiatives non-lucratives, comme EarthArXiv, représente un grand potentiel”, peut-on lire.
Lyon candidate pour accueillir le prochain congrès international de catalyse. Le congrès est prévu en 2024 et la candidature lyonnaise est consultable ici. Elle est portée par Hélène Olivier-Bourbigou, directrice du département de catalyse moléculaire à l’IFP de Lyon et David Ferrusseng, directeur de recherche CNRS à l’Institut de recherche sur la catalyse et l’environnement de Lyon.
Google s’intéresse aux données en biochimie… La firme de Mountain View vient de faire alliance avec X-chem Pharmaceuticals afin de faciliter la découverte de “hits” dans le cadre d’un projet baptisé Chemome. Le but est d’améliorer la connaissance des molécules grâce au machine learning et non par l’expérimentation classique en laboratoire.
Les étoiles montantes en chimie et en physique. Lors de l’édition de mai de notre bulletin de veille, nous vous signalions que la Chine avait un indice de spécialisation très élevé en chimie (1,6), contre 0,8 pour la France. Parmi les 10 établissements ayant connu la plus forte ascension dans le classement du Nature Index en chimie (indice spécialisé dans les articles de « haute qualité ») entre 2015 et 2019, tous sont chinois. Idem en physique, à l’exception de l’Université de Singapour. En termes de classement disciplinaire, le CNRS occupe le 3e rang du Nature Index pour la chimie en 2019, tout comme en physique.
Le dernier numéro de l’Actualité chimique en accès libre. Le numéro de juin 2020 est librement mis à disposition.
Enquêtes et analyses
Enquête sur les cahiers de laboratoire. Lancée à l’initiative d’un groupe de travail du CNRS, cette étude porte sur les pratiques des chercheurs en matière de conservation et de traçabilité de leurs travaux. Délai de réponse au 10 juillet.
Enquête sur les pratiques des outils numériques des chercheurs. Une étude lancée dans le cadre du Comité pour la science ouverte et conduite par une équipe de recherche pilotée par l’Université de Lyon (Mme Mariannig Le Béchec, ELICO, Urfist de Lyon) vise à mieux connaître les pratiques des chercheurs à l’égard de la gestion et la valorisation de leurs données. La question des cahiers de laboratoire électroniques est notamment abordée. Date de clôture de l’enquête : 15 septembre.
44% des doctorants envisagent de monter leur start-up. C’est la conclusion d’une étude rendue publique fin mai par Bpifrance. Parmi l’origine des sondés, les doctorants en chimie représentent la 2e communauté à avoir le plus répondu, derrière la biologie.
Une diffusion des données assez aléatoire. Selon une enquête menée auprès de chercheurs du bassin montpelliérain (118 répondants), 41,5 % envisagent de diffuser les données associées à leur dernier projet de recherche, contre 36,4 % qui envisagent de ne pas le faire. “Il est étonnant de constater que 22 % ne savent pas s’ils diffuseront leurs données”, conclut l’étude.
Pourquoi les chercheurs ouvrent-ils leurs recherches ? Dans un article publié le 22 juin dans The Conversation, Chérifa Boukacem-Zeghmouri, professeure en sciences de l’information et de la communication à l’Université de Lyon 1, met en regard la genèse de la science ouverte avec les conditions actuelles de sa mise en oeuvre. Elle pointe les “injonctions contradictoires” auxquelles les chercheurs sont confrontés. « L’injonction à l’ouverture achoppe d’autant plus avec les domaines disciplinaires où la recherche repose sur des partenariats industriels (par exemple la chimie) requérant la confidentialité, tant pour les protocoles de recherche, les résultats et a fortiori les données produites », souligne-t-elle.
Citations, Sci-Hub et données. Un pré-print publié dans ArXiv établit une corrélation entre la performance bibliométrique des publications et…l’usage de Sci-Hub (parfois assimilé à un modèle de « black open science »). En s’appuyant sur 12 revues issues de domaines variés dont l’économie et les neurosciences, les auteurs concluent que la part de citations des articles téléchargés sur Sci-Hub était 1,72 fois plus élevée que ceux qui n’étaient pas téléchargés à partir de cette plateforme. « En dehors de l’effet Sci-Hub, nous remarquons aussi que les articles comprenant le plus grand nombre de figures recevaient systématiquement plus de citations », ajoutent-ils.
Le point de vue des institutions
La feuille de route du CERN. Le conseil du CERN a mis à jour sa feuille de route après deux ans de discussion. Parmi les priorités, l’étude du boson de Higgs. Il s’agit donc de l’évolution de stratégie européenne pour la physique des particules. Le document précise également les conséquences des travaux du CERN sur de nombreux axes de recherche : les technologies médicales et biomédicales, les applications aérospatiales, le patrimoine culturel, l’intelligence artificielle, l’énergie, les données massives et la robotique.
Déclaration sur la science ouverte. Publié le 29 juin par les principales agences françaises de financement de la recherche (ANR, Inserm, Ademe, Anses, INCa, ANRS), le texte préconise notamment l’adoption d’un plan de gestion des données pour tous les projets financés par ces organismes.
Budget de la recherche : augmenter les moyens, oui mais… Alors que le projet de loi de programmation pluriannuelle de la recherche sera à l’agenda du conseil des ministres du 8 juillet, les sociétés savantes (dont la société chimique de France et la société française de physique) ont adressé le 5 juin une lettre ouverte à la ministre Frédérique Vidal. “Une augmentation du budget de l’ANR n’aura aucun effet sur les trois problèmes essentiels dont souffrent les laboratoires aujourd’hui : le manque de personnel permanent, le manque de crédits récurrents et le manque de visibilité à moyen et long terme de leur stratégie de recherche”, peut-on notamment lire.
Reproductibilité
Des outils en biostatistiques. Dans ce pré-print co-signé par Boris Hejblum (Université de Bordeaux), les auteurs proposent “un état de l’art des pratiques de recherches reproductibles appliquées au domaine des biostatistiques”. Plusieurs outils sont cités, dont Labkey et Copo project. Labkey se présente comme une plateforme open source de gestion et de partage des données utilisant des métadonnées standardisées en recherche immunologique. Le projet COPO (Collaborative Open Plant Omics) est une plateforme qui sert d’intermédiaire entre le chercheur en biologie végétale et les entrepôts de données. Le chercheur importe ses données une fois et la plateforme les dissémine vers tous les entrepôts potentiellement pertinents.
Les chimistes à l’heure de la Covid-19
Les chimistes des matériaux planchent sur les masques faits maison. Le polypropylène (souvent utilisé pour les sacs cabas des courses) s’avèrerait être un très bon filtre contre les très petites particules, selon des chercheurs de Stanford qui viennent de publier un article sur le sujet dans NanoLetters.
Des cours de chant sur Zoom. RSC poursuit sa série de portraits. Dernier en date, celui de John Woodland, en post-doc à l’Université du Cap en Afrique du Sud. Ses recherches en chimie pharmaceutiques subissant un coup d’arrêt, il n’abandonne pour autant pas son hobby, la musique, et dirige sa chorale de 30 chanteurs sur Zoom.
Evénements à noter
Les plans de gestion de données : contrainte ou opportunité ? Si vous faites partie des équipes de recherche bénéficiant d’un financement ANR ou H2020 et soumises à l’obligation de rendre un plan de gestion de données, venez-en discuter le 7 juillet lors d’un atelier en ligne organisé par le GRICAD et l’équipe de Datacc’ à Grenoble.
Quelles données préserver ? C’est le thème de la prochaine rencontre en visio-conférence prévue le 9 juillet et organisée par le réseau Dialogu’IST. L’une des interventions porte sur les cahiers de laboratoire électroniques. Inscriptions ici.
Comment écrire un article avec “d’excellentes” données ? Dans le webinaire “Writing an article with excellent supporting data” Mark A. Parsons, chercheur au Rensselaer Polytechnic Institute et éditeur en chef du CODATA Data Science Journal pose la question suivante : est-ce que les données étayent l’article ou est-ce que l’article étaye les données ? Le webinaire du 22 juin est suivi d’une présentation complémentaire le 7 juillet à 13h. Inscription ici.
Conférence sur l’open data en chimie. A l’initiative de RSC, une conférence se tiendra à Londres le 12 novembre.
Les Rencontres Accélérateurs 2020 accueillies au CERN. Les Rencontres-Accélérateurs, organisées chaque année par la Division “Accélérateurs” de la Société Française de Physique se dérouleront du mardi 17 novembre 13h au mercredi 18 novembre 12h sur le site du CERN. Ces rencontres permettront la visite de 3 installations du CERN.
Retrouvez ici tous les événements intéressant le domaine de la gestion des données et l’enjeu de la reproductibilité.
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