Des données en image : quels outils de datavisualisation ?

Des outils gratuits ou open source pour la chimie

Qu’il s’agisse de logiciels d’édition de molécules ou de visualisation de spectres, nous vous proposons une revue non exhaustive (1) des outils disponibles, développés par la communauté ou accessibles gratuitement pour le monde académique. (2)

Focus sur la suite ChemAxon

Les logiciels inclus dans la suite de ChemAxon sont des outils propriétaires pouvant être mis à disposition gratuitement auprès des chercheurs et étudiants via la licence académique (un modèle similaire existe pour Chemsketch). Les logiciels concernés sont notamment MarvinSketch (éditeur de molécules 2D/3D très complet) et Jchem, un plugin adossé aux outils Microsoft (Word, Excel, PowerPoint, Outlook).

MarvinSketch propose beaucoup de formats en import/export et permet également de calculer des propriétés de molécules. Il dispose d’un outil de prédiction et visualisation de spectres RMN. Il permet aussi de recherches des structures à partir des bases de données Reaxys and Chemicalize. L’outil permet également de saisir des lignes de commande.

Retrouvez toute la documentation des outils de Chemaxon ici.

Sélection de logiciels open source

Logiciels Caractéristiques
JmolJmol est l’un des outils les plus connus de visualisation de molécules. 2D et 3D disponibles, ainsi que la visualisation de spectres. Jmol supporte de nombreux formats de fichiers, dont les classiques .pdb, .mol et .xyz.
IQmolIQmol présente une interface soignée et de nombreuses fonctions disponibles. Accepte une variété de formats : xyz, cml, pdb, mol, fchk, cube data et Q-Chem. Dispose d’une documentation étoffée.
AvogadroAvogadro accepte près de 80 formats de fichiers. Editeur et visualiseur de molécules en 2D et 3D.
MolviewMolview a la particularité de se présenter comme une application web. Permet d’éditer des molécules en 2D puis de les convertir en 3D. Formats d’export en png, .mol et jcamp. Possibilité de faire des recherches par sous-structures chimiques à partir de bases de données adossées à Molview. Pas de possibilité d’importer des fichiers.
JChempaintJChempaint est un éditeur simple 2D développé en Java. Il supporte les formats CML, MDL MOL, MDL SDF et permet d’exporter aux formats CML et MDL MOL. Enregistrement des structures créées sous forme d’image : BMP, JPEG, PNG, SVG.
BKChemBKChem est un éditeur simple 2D développé en Python qui supporte les formats CML, CML2 et Molfile et permet d’exporter notamment sous les formats SVG, OpenOffice, PDF et PNG.
GabeditLogiciel développé par Abdul-Rahman Allouche, chercheur à l’ILM (Lyon 1) et servant d’interface graphique pour des logiciels de calculs théoriques. Il permet également l’édition en 2D et 3D de molécules (Molecule Builder).
  • 1. Vous trouverez ici une liste complémentaire de logiciels adaptés à la chimie et librement utilisables.
  • 2. Cette ressource a été préparée avec le concours de Thierry Billard, directeur de recherche CNRS à l’ICBMS (UMR CNRS 5246).