8 types of electronic laboratory notebooks
We have performed a benchmarking of several solutions, mainly but not only intended for chemists. Features, safety, hosting, cost, etc. Here is a description of existing possibilities.
Catégories | Critères | 1. eLabFTW (open source) | 2. Chemotion (open source) | 3. Mbook | 4. LabCollector | 5. eLabJournal | 6. FindMolecule | 7. LABY | 8. Research Space |
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Général | Société | Porté à l’origine par l’Institut Curie | Institut de technologie de Karlsruhe (Allemagne) | Mestrelab (Espagne) | AgileBio (France, Paris) | Appartient à Bio-ITech BV (Groningen, Pays-Bas et États-Unis), filiale de la société allemande Eppendorf, spécialisée dans le matériel de laboratoire.
| FindMolecule inc. (Sherbrooke, Québec) | KYLI (Montpellier, France) | Research Space (Édimbourg, UK) |
Domaine d'application | Générique | Chimie | Chimie | Générique, mais modules adaptés pour la chimie et autres disciplines (également possible de créer des modules) | Générique et adapté à la R&D | Chimie et biologie | Générique adapté à la R&D (biologie, chimie analytique, physique) | Générique, mais particulièrement adapté à la biologie | |
Plateforme | Client Web | Client web | Client web | Client web | Web, application mobile | Client web | Client serveur | Client web | |
Stockage des données | Plusieurs solutions : | Local | – AWS (Amazon Web Services) en Irlande | – Serveurs français chez Orange, en région Parisienne | Cloud d’eLabNext : les données des clients européens sont stockées sur des serveurs aux Pays-Bas et en Irlande. Bio-ITech est certifié ISO/IEC 27001:2013, assurant une forte sécurité des données. Cloud privé : le client peut choisir un cloud AWS de son choix. Pas d’informations sur la possibilité de choisir un autre fournisseur. Localement : outil installé sur les serveurs propres du client avec les sauvegardes et la maintenance à sa charge. | Serveurs aux USA, mais Europe possible (France avec OVH, Allemagne, Suède, Irlande, Angleterre) Installation locale possible avec un surcoût annuel | Plusieurs solutions d’installation et hébergement | – Local | |
Capacité de stockage | – Limité à votre propre espace (possible de restreindre l’espace via le panneau administrateur) | Limité à l’espace disponible en local. | 4 Go par utilisateur (cloud) | | 20 Go par utilisateur. La capacité de stockage peut être augmentée si nécessaire. | | Limité à votre propre espace | Indiqué comme sans limite | |
Fonctionnalités | Organisation du cahier | – Organisation en projets et équipes | – Repose sur la création de collections : 1 collection = 1 cahier de labo – Possibilité de créer plusieurs projets dans une collection | S’organise hiérarchiquement comme suit :
| S’organise comme suit : – Cahier (nombre infini de cahiers) – Possible d’ajouter et d’attribuer des tâches | Le cahier est organisé en projets, études, expériences. La page de description des expériences fonctionne par ajout de sections : texte (paragraphe, commentaire, protocole), objets de l’inventaire (échantillons), données (feuille Excel, tableur, dessin, structure chimique) et pièce jointe (image, fichier). Chaque expérience possède un statut : en train d’être modifiée, terminée, etc. Il est possible de créer des templates de protocoles/procédures et de les ajouter à l’expérience. Des commentaires peuvent être ajoutés sur des sections de l’expérience. | – Editeur de texte pour décrire les expériences en chimie ou biologie | – Organisation par départements et projets avec plusieurs niveaux | – Le cahier peut être organisé par thème ou par projet |
Duplication des expériences | – Duplication des expériences possible | Oui | Oui | – Oui possibilité de les dupliquer et créer des templates | Oui. | Oui, possible de “cloner” les expériences et de choisir quels paramètres garder | – Possibilité de dupliquer la structure d’un projet, d’une expérience ou d’un test | Oui, et templates disponibles | |
Gestion des stocks | Fonctionne avec le principe des “items” (on peut créer ce que l’on souhaite, mais le logiciel ne contrôle pas ce qui est créé) : produits, équipements, etc | Possibilité d’ajouter et retirer des réactifs manuellement et de dessiner leur structure | – Base de données configurable pour stocker les échantillons | – Inventaire des équipements, échantillons, composés | Module de gestion des échantillons avancé. | – Inventaire séparé en deux catégories : équipements et composés (d’autres types doivent être implémentées : cellules, produits de synthèse commerciaux) | – Capacité de gérer les stocks avec produits, lots et articles et leurs quantités. | Oui | |
Scan codes barres | Non | Code barre et QR code générés pour chaque réactif | Non | Oui | Oui, l'outil possède un module poussé de configuration des barcodes. | Possible de créer des templates de barcode personnalisables | Oui, un QR code est associé à chaque élément existant dans l'outil | | |
Attachement de fichiers | – Possible d’attacher n’importe quel type de fichier à une expérience | – Possible de gérer des fichiers texte, des données ou des images – Possible d’attacher des fichiers supplémentaires tous formats | Possible de joindre n’importe quel type de fichier | Oui tout type de fichier | Oui. | Attachement de fichiers en version payante uniquement | Rattachement de tous types de fichiers avec aperçu des documents | Documents Office, images, PDF… | |
Fonction recherche | Par tags, expériences, par statut de l’expérience (finie, en cours, etc), recherche plein texte sur le titre ou le contenu d’un objet | – Par numéro CAS, label, opérateurs – Par structure et sous-structure également | – Recherche basique (texte, date, auteur) | – Recherche via arborescence, tag, recherche plein texte | Recherche des expériences via le menu de navigation hiérarchique (projet, étude, expérience), | – Recherche avancée possible, ainsi que recherche par structure et sous-structure | Recherche générale dans tout le système d’information. | Recherche par sous-structure possible | |
Dessin de molécules | ChemDoodle (mais ne remplace pas un outil comme Marvin) | Editeur de structures dérivé de Sketcher (open source) | Marvin JS | Diagram designer pour les réactions chimiques et schémas d’expériences | Marvin JS (doit être activé) | Oui, éditeur développé par FindMolecule. Il est possible de copier-coller depuis ChemDraw. | Edition des molécules avec Marvin et intégration dans les documents de LABY | Marvin JS | |
Workflow | Non | Non | Workflow adapté à la chimie de synthèse (projets, réactions, expériences) | Possible de définir des workflows spécifiques à des expériences | Oui, le workflow est ajustable grâce à la mise à disposition du SDK (Software Development Kit). | | Oui : gestion et validation de documentations qualité, processus de validation des expériences avec rapport des études | Par thème, projet, expérience | |
Autres outils & fonctionnalités | – To do list disponible (rappelle des tâches pas encore terminées) | – Onglet RMN – Possible de créer et planifier des réactions (sélectionner les réactifs et rentrer les quantités) – Cadre pour écrire une description de ces réactions – Base de données de molécules indexée selon l’InChIKey – Différenciation entre les échantillons et les molécules (grâce à des bases de données différentes) – Calculs de quantités automatiques – Champs de recherche d’une publication par DOI | – Calculs stoechiométriques | | Il est possible de modifier directement des fichiers à partir du logiciel. L’outil ouvre en réalité le programme présent sur votre ordinateur associé au format, et le retélécharge après modification. Un certain nombre de formats sont supportés : ChemDraw, les formats LibreOffice et Microsoft Office, Jupyter Notebook, SnapGene, ImageJ, Graphpad. Il est également possible de personnaliser et ajuster chaque une grande partie des fonctionnalités de l’outil avec la mise à disposition du SDK (Software Development Kit). En savoir plus ici. | – Notifications quand des produits arrivent à expiration | – Gestion bibliographique : importation de la bibliographie avec recherche automatique des métadonnées ; possibilité de créer des collections personnalisables par projet et par thématiques ; prévisualisation des publications ; ajouts de tags ; partage des ressources entre collaborateurs. | | |
Authentification utilisateur | LDAP, SAML2 | SSO (Single Sign-On) | Création d'un compte utilisateur. La version in-house de l'outil ne permet pas de réinitialiser son mot de passe automatiquement. | LDAP, CAS, SAML2 | | SSO à venir | LDAP | LDAP | |
Gestion des rôles et des droits | – Administrateur gère les droits des équipes | Différents niveaux de permission et d’accès | Permissions en fonction du rôle : Les Group Manager et Project Manager peuvent assigner une expérience à un autre utilisateur du même groupe. | Permissions en fonction des rôles : utilisateur, admin cahier, administrateur, super-admin | L’utilisateur peut définir ses propres rôles. Pour chaque rôle, on affecte les actions permises depuis la liste des actions de l’outil. Il peut y avoir autant de rôles que l’on souhaite. | – La gestion des droits fonctionne hiérarchiquement. Chaque utilisateur peut décider (si l’administrateur lui en a donné les droits) de partager des projets ou les expériences à l’intérieur des projets, et à qui les partager. | Gestion avancée des droits | – Gestion administrateur des groupes dans la version payante | |
Travail collaboratif | – Différents utilisateurs peuvent travailler sur un même projet, expérience | Plutôt pour une collaboration interne avec le partage de collections | Oui | Partage des ressources possible au sein d’un même labo | Les utilisateurs peuvent inviter d’autres utilisateurs pour travailler sur une expérience.
| – Possible de partager des projets et expériences (version payante) | – Gestion de projets par équipe | – Oui, édition collaborative des documents/protocoles | |
Tableau de bord | Statistiques d’utilisation du cahier | | Les Group Manager et l’administrateur ont accès à un tableau de bord récapitulatif de l’activité des utilisateurs dans l’ELN. | Tableaux de bords avec les workflows | | | Tableau de bord par module : Tableau de suivi des activités de l’utilisateur sur la page d’accueil. | | |
Logiciel ou modules supplémentaires | Éditeur intégré de fichiers JSON | Possible d’associer un compte Zotero | – Fonctionne avec le logiciel Mnova Il est nécessaire d’avoir une licence valide de ces deux outils pour les faire fonctionner avec l’ELN.
| – Architecture modulaire : 13 modules de base, possible d’ajouter des modules (dont ELN et modules de chimie) – Module scpécifique de gestion des échantillons – Possible de désactiver les modules qu’on n’utilise pas (pour plus de visibilité) – Outils de gestion de projet (GANTT, PERT) | Microsoft Excel, Dropbox, Google Drive, Google Translate, Mendeley… voir la liste complète. | Intégration de feuilles de calculs Excel dans l’éditeur d’expérience. | Capacité d’interconnexion avec : Empower (données chromatographiques), Office, Pymol, … | – Google Drive, Dropbox | |
Lien avec bases de données externes | N’existe pas actuellement, mais a été demandé sur GitHub (date de réalisation non-connue à ce jour) | – Onglet Sci-finder lors de la manipulation d’un réactif – Bouton pour accéder à PubChem pour chaque réactif dans la base | Travaillent actuellement à l’incorporation de bases de données externes (PubChem, eMolecules…) | Lien avec PubMed et PubChem | | Utilisation de PubChem pour les fiches dans la gestion des stocks | A évaluer avec l’éditeur | Possibilité de créer des liens avec vos bases de données institutionnelles, voir avec le support, et disponible uniquement en version entreprise | |
Lien avec entrepôts de données | Non | Lien avec Chemotion-repository | Non | Non | | Non | | – Dspace, Dataverse, Figshare | |
Import | – CSV, ZIP, import des templates pour les expériences | Importation de structures en format SDF et Excel | Import de molécules depuis ChemDraw | – Possible d’importer un CSV ou CSV-like | Non renseigné | | Tous types de documents | Possibilité d’importer des protocoles depuis Protocols.io (plateforme de partage de protocoles) | |
Export | – ZIP (1 dossier par expérience contenant le PDF de l’expérience + les fichiers joints) | Export en format SDF et Excel | Possible d’exporter des projets complets avec leurs sous-projets, les réactions et les expériences correspondantes, ainsi que les documents téléchargés. Possible d’exporter le rapport complet d’un projet en format PDF. Possible d’exporter des expériences, 2 fichiers sont générés :
| Export possible des expériences, fichiers joints et pages en ZIP, PDF, csv, HTML. | Les expériences peuvent être exportées au format PDF. | – Possible de télécharger ses données en format csv et Excel | Toutes les données sont accessibles et exportables via la base de données | Export des documents en HTML, XML, PDF, Word. | |
API | – Permet d’accéder informatiquement aux expériences (en JSON) | Pas d’API pour accéder à l’ELN | API pour pouvoir incorporer des bases de données externes à venir | Non | Oui, il est possible de récupérer des données provenant du cahier électronique ou de verser des données provenant d’applications tierces. La documentation de l’API est disponible ici.
| API disponible pour connecter l’ELN à d’autres systèmes | API REST, peut s’interconnecter avec un environnement existant | Oui | |
Versioning | Oui, historique de modification des expériences | Non, implémentation à venir | Oui | Oui, possible de restaurer une version, chaque module a l’option de versioning | Oui, il est possible de suivre et identifier qui a modifié quoi sur une expérience et de restaurer une version antérieure. | | Oui, via la récupération d’informations issues d'une sauvegarde antérieure | | |
Sécurité | Signature électronique | Oui + horodatage | Aucune | Oui | Oui | Signature et contre-signature. | Oui, contre-signature également (en version payante) | Oui : signature et contre-signature + horodatage | Oui |
Sauvegardes | Sauvegardes manuelles, mais possible de les automatiser | Possibilité de paramétrer la fréquence des sauvegardes et de dupliquer la base de données | Automatiques | Manuellement ou automatiquement (via le ‘manager Windows’) | Pour l’offre cloud eLabNext, les données sont sauvegardées en temps réel et archivées sur un serveur hors-site chiffré. | Automatiques | Possibilité de paramétrer la fréquence des sauvegardes et de dupliquer la base de données. | Peuvent être réalisées manuellement ou planifiées | |
Normes respectées | – RFC 3161 | Non indiqué | Non indiqué | – 21 CFR Part 11 – Annex 11 – GxP | Bio-ITech est certifié ISO/IEC 27001:2013 pour la sécurité des données. | 21 CFR Part 11 | – 21 CFR Part 11 | 21 CFR Part 11 | |
Autres | – Authentification à deux facteurs (2FA) et OPT (one time password) | | | – Audit interne | Audit trail des actions effectuées. | – Possible de filtrer l’accès à l’ELN par adresse IP | – Audit trail | – Accès au serveur octroyé uniquement aux personnes autorisées | |
Modèle économique | Coût | – Gratuit (open source) | Gratuit (open source) | – Cloud : 10 € par utilisateur par mois | – 400 €/ an/utilisateur | Offre académique : 12.95 € par utilisateur et par mois pour l’accès complet à elabjournal. 9.95 € pour l’accès à eLabInventory.
| – Gratuit pour les Universités (mais fonctions limitées) | Académique : sur demande | – RSpace Community (moins de fonctions) : gratuit individuellement et pour les petits groupes |
Essai gratuit | Demo accessible directement depuis le site | Connexion à une démo web depuis le site Chemotion | 45 jours, essai cloud : activer l’essai en ligne en s’enregistrant (limité à 10 utilisateurs) | 30 jours d’essai gratuit renouvelable avec suivi technique (emails, chat, appels…) | Un essai gratuit de 30 jours est disponible. | Oui, sur enregistrement | Possibilité de demander une démonstration et une version d’évaluation gratuite sur le site internet. | Possibilité de demander une démo en live | |
Support | – 760 € / an pour support par Deltablot (support par email/visio, développeur très réactif) | – Pas de support proposé | – Peuvent aider à la migration depuis un autre ELN | Compter 20% de plus dans le prix pour support et maintenance lorsque les données sont stockées localement | Support complet avec les offres payantes. | – Support disponible – Mises à jour automatiques | – Support technique avancé, inclus dans l’offre | Accompagnement pour interfacer l’ELN avec d’autres systèmes concurrents (pas forcément des cahiers électroniques mais d’autres logiciels) | |
Autres | Références utilisateurs | – Institut Curie | Institut de technologie de Karlsruhe | – Université d’Oxford | – INRA | Institut Pasteur Université de Genève Université de Cologne | – Université de Bordeaux | Institut SupAgro de Montpellier | – Université de Genève |
Références web | – Code disponible sur GitHub | Des vidéos de présentation d’eLabJournal. Des études de cas concrets d’utilisation du logiciel. Des webinaires sur l’adoption de solutions numériques dans le laboratoire. | | | |||||
Remarques complémentaires | – Possible de demander des développements spécifiques via GitHub | | – La documentation de l’ELN est maintenant disponible directement depuis l’outil. | | Langues supportées : français, anglais, allemand. | Possible d’ajouter certains champs dans l’expérience sur développement. | Possibilité de demander des développements spécifiques | |