Typologie de 7 cahiers de laboratoire

Nous avons élaboré un benchmarking de plusieurs solutions, principalement à destination des chimistes, mais pas seulement. Fonctionnalités, sécurité, hébergement, coût… Description des possibilités existantes.

Catégories Critères 1. eLabFTW (open source) 2. Chemotion (open source) 3. Mbook 4. LabCollector 5. LABY 6. FindMolecule 7. Research Space
Général Société

Porté à l’origine par l’Institut Curie

Adossé à Deltablot aujourd’hui (France)

Institut de technologie de Karlsruhe (Allemagne)

Mestrelab (Espagne)

AgileBio (France, Paris)

KYLI (Montpellier, France)

FindMolecule inc. (Sherbrooke, Québec)

Research Space (Édimbourg, UK)

Domaine d'application
Générique
Chimie
Chimie
Générique, mais modules adaptés pour la chimie et autres disciplines (également possible de créer des modules)
Générique adapté à la R&D (biologie, chimie analytique, physique)
Chimie et biologie
Générique, mais particulièrement adapté à la biologie
Plateforme
Client Web
Client web
Client web
Client web
Client serveur
Client web
Client web
Stockage des données

Plusieurs solutions :

– Installation et hébergement en local sur notre serveur

– Hébergement et maintenance par Deltablot (principe du SaaS, serveurs OVH à Paris)

– Solution « hybride » avec stockage en local et mises à jour faites à distance

– Accès à l’ELN possible grâce à un VPN

Local

– AWS (Amazon Web Services) en Irlande
– Possible de choisir un serveur AWS dans un pays de notre choix si demandé
– Solution « In-house » : installation en local, accès via navigateur, et maintenance à distance (plus cher)

– Serveurs français chez Orange, en région Parisienne
– Possible de choisir un autre fournisseur (ex : OVH)
– Déploiement en local possible (avec maintenance à distance, plus cher)

Plusieurs solutions d’installation et hébergement
– Serveur local
– Serveur distant (partenariat non exclusif avec OVH Cloud)

Serveurs aux USA, mais Europe possible (France, Allemagne, Suède, Irlande, Angleterre)

– Local
– Cloud AWS/Google/Azure ou sur cloud de notre choix (pour la version entreprise)

Capacité de stockage

– Limité à votre propre espace (possible de restreindre l’espace via le panneau administrateur)

– 50 Go si hébergement par le fournisseur

Limité à votre propre espace

4 Go par utilisateur (cloud)

Limité à votre propre espace
Possibilité de limiter la taille des fichiers téléchargés

Indiqué comme sans limite

Fonctionnalités Organisation du cahier

– Organisation en projets et équipes

– Utilisation de tags pour hiérarchiser les expériences et les items

– Apparence du cahier personnalisable

– Lors de l’écriture d’une expérience, autocomplétion des mots avec des objets existants dans le cahier

– Dans une expérience, il est possible de créer un lien vers n’importe quel item de la base de données pour le retrouver facilement

– Repose sur la création de collections : 1 collection = 1 cahier de labo

– Possibilité de créer plusieurs projets dans une collection

S’organise hiérarchiquement comme suit :
– Projet
– Réaction
– Expérience

S’organise comme suit :

– Cahier (nombre infini de cahiers)
– Expérience (nb infini)
– Page (nb infini) : pour décrire les processus

– Possible d’ajouter et d’attribuer des tâches
– Possible de créer des champs personnalisés

– Organisation par départements et projets avec plusieurs niveaux
– Editeur de documents à chaque niveau
– Possibilité d’implémenter des tableaux de résultats standardisés par type de test (export excel possible)
– Lien avec les équipements utilisés
– Utilisation de tags et mots-clés

– Editeur de texte pour décrire les expériences en chimie ou biologie
– Champs spécifiques pour décrire les objectifs des expériences
– Possible d’ajouter un référent pour les équipements et les composés

– Le cahier peut être organisé par thème ou par projet
– Possible de créer des pages d’expériences et d’y joindre des documents (données, graphiques, protocoles…)

Duplication des expériences

– Duplication des expériences possible

– Utilisation de templates pour les expériences & protocoles

– Les templates peuvent être rendus visibles à tous, ou gardés secrets

Oui

Oui

– Oui possibilité de les dupliquer et créer des templates
– Pas possible de créer un template à partir d’une expérience

Oui
– Possibilité de dupliquer la structure d’un projet, d’une expérience ou d’un test
– Possibilité d’utiliser des modèles par type de test

Oui

Oui, et templates disponibles

Gestion des stocks

Fonctionne avec le principe des « items » (on peut créer ce que l’on souhaite, mais le logiciel ne contrôle pas ce qui est créé) : produits, équipements, etc

Possible de restreindre la création des items en fonction des droits

Possibilité d’ajouter et retirer des réactifs manuellement et de dessiner leur structure

– Base de données configurable pour stocker les échantillons
– Base de données de composés intégrée avec des feuilles de sécurité

– Inventaire des équipements, échantillons, composés
– Possible de les localiser dans le labo et de leur assigner des propriétaires
– Gestion des risques et de la sécurité pour certains produits
– Associe les vendeurs de produits et leurs prix et possible de rajouter des vendeurs
– Gestion des commandes

Pas de gestion des stocks actuellement. En cours de développement pour mise en production à l’été 2021.

– Inventaire séparé en deux catégories : équipements et composés
– Suivi des commandes, gestion des produits, trace des produits dangereux
– Possible de renseigner un numéro CAS pour rentrer les structures
– Possible d’assigner une date d’ajout à l’inventaire pour les produits
– Possible de rechercher des produits par fournisseur

Non

Scan codes barres
Non
Code barre et QR code générés pour chaque réactif
Non
Oui
Oui
Possible de créer des templates de barcode personnalisables
Attachement de fichiers

– Possible d’attacher n’importe quel type de fichier à une expérience
– Possible d’intégrer et éditer des images
– Possible d’ajouter des liens, pour renvoyer vers des données brutes par exemple

– Possible de gérer des fichiers textes, des données ou des images

– Possible d’attacher des fichiers supplémentaires tout format

Possible de joindre n’importe quel type de fichier

Oui tout type de fichier

Rattachement de tous types de fichiers et aperçu des documents

Attachement de fichiers en version payante uniquement

Documents Office, images, PDF…

Fonction recherche

Par tags, expériences, par statut de l’expérience (finie, en cours, etc), recherche plein texte sur le titre ou le contenu d’un objet

– Par numéro CAS, label, opérateurs

– Par structure et sous-structure également

– Recherche basique (texte, date, auteur)
– Par structure et sous-structure

– Recherche via arborescence, tag, recherche plein texte
– Par structure et sous-structure

Recherche générale dans tout le système d’information.
Recherche avancée (tag, filtre, combinaison de mots-clés…)

– Recherche avancée possible, ainsi que recherche par structure et sous-structure
– Recherche par formule chimique
– Recherche par ordre de commande de stocks

Recherche par sous-structure possible

Dessin de molécules

ChemDoodle (mais ne remplace pas un outil comme Marvin)

Editeur de structures dérivé de Sketcher (open source)

Marvin JS

Diagram designer pour les réactions chimiques et schémas d’expériences

Edition des molécules avec Marvin et intégration dans les documents de LABY

ChemDraw

Marvin JS

Workflow
Non
Non
Workflow adapté à la chimie (projets, réactions, expériences)
Possible de définir des workflows spécifiques à des expériences
Oui : gestion et validation de documentations qualité, processus de validation des expériences avec rapport des études
Par thème, projet, expérience
Autres outils & fonctionnalités

– To do list disponible (rappelle des tâches pas encore terminées)
– Les étapes d’une expérience peuvent être librement réorganisées et modifiées
– Possibilité d’épingler une expérience ou un item pour le rendre plus visible
– Possible de lier du code dans une expérience : plusieurs langages sont disponibles et possèdent une coloration syntaxique
– Possible d’importer et créer des tableaux
– Dessin libre dans les expériences

– Onglet RMN

– Possible de créer et planifier des réactions (sélectionner les réactifs et rentrer les quantités)

– Cadre pour écrire une description de ces réactions

– Base de données de molécules indexée selon l’InChIKey

– Différenciation entre les échantillons et les molécules (grâce à des bases de données différentes)

– Calculs de quantités automatiques

– Champs de recherche d’une publication par doi

– Calculs stoechiométriques

– Outil de vérification de structure

– Gestion bibliographique :
Importation de la bibliographie avec recherche automatique des métadonnées ; possibilité de créer des collections personnalisables par projet et par thématiques ; prévisualisation des publications ; ajouts de tags ; partage des ressources entre collaborateurs.
– Gestion des équipements :
Inventaire des équipements par famille et par groupe ; suivi et alertes des maintenances ; lien avec les fournisseurs ; stockage de documents (rapports de maintenance, manuels d’utilisation).
– Gestion avancée de la qualité :
Création, soumission, validation et distribution de documents qualité avec suivi des lectures (documents administratifs, SOP,…)

– Notifications quand des produits arrivent à expiration
– Possibilité d’exporter la liste des utilisateurs en format Excel (nom, prénom, emails, role, groupe)

Authentification utilisateur
LDAP, SAML2
SSO (Single Sign-On)
Création d'un compte utilisateur. La version in-house de l'outil ne permet pas de réinitialiser son mot de passe automatiquement.
LDAP, CAS, SAML2
LDAP
SSO à venir
LDAP
Gestion des rôles et des droits

– Administrateur gère les droits des équipes
– Possibilité de forcer les permissions d’écriture et de lecture (sur un utilisateur ou une équipe)
– Possible pour un même utilisateur d’être affecté à plusieurs équipes

Différents niveaux de permission et d’accès

Permissions en fonction du rôle :
– Group Manager
– Project Manager
– Bench Chemist
– Administrator
– Guest

Permissions en fonction des rôles : utilisateur, admin cahier, administrateur, super-admin

Gestion avancée des droits
– Accès aux modules selon différents droits (lecture, écriture, modification, suppression)
– Définition et attribution de rôles (ex : Project manager, project reader, …)
– Possibilité pour un même utilisateur d’être affecté à plusieurs projets avec des niveaux de droits différents
– Possibilité de donner accès à des utilisateurs tiers (CRO, CMO, fournisseurs, prestataires, etc)

– Droits d’administration assez basiques (admin et utilisateur)
– Les utilisateurs peuvent être placés en « read-only » (ne peuvent donc pas modifier les expériences)
– Les administrateurs peuvent accéder aux paramètres des sous-groupes et les modifier

– Gestion administrateur des groupes dans la version payante
– Possibilité pour un utilisateur d’appartenir à plusieurs groupes différents

Travail collaboratif

– Différents utilisateurs peuvent travailler sur un même projet, expérience

– Réservation des salles, d’appareils, des machines possible et apparaîtra sur le calendrier de l’équipe

Plutôt pour une collaboration interne avec le partage de collections

Oui

Partage des ressources possible au sein d’un même labo

Gestion de projets par équipe, partage de collections, envoi de mail avec un lien vers une page de LABY

– Possible de partager des projets et expériences (version payante)
– Lors de la création d’un projet, il est possible de choisir les utilisateurs associés à celui-ci
– Le partage d’expérience peut être restreint au rôle « Director » et « Administrator »

– Oui, édition collaborative des documents/protocoles
– Accès aux documents modulables selon les droits des utilisateurs

Tableau de bord

Statistiques d’utilisation du cahier

Rapports automatisés ou personnalisés en PDF

Tableaux de bords avec les workflows

Tableau de bord par module :
Equipement, Documentation qualité, Bibliographie

Logiciel ou modules supplémentaires

Éditeur intégré de fichiers JSON

Possible d’associer un compte Zotero

Intégration de Mnova

– Architecture modulaire : 13 modules de base, possible d’ajouter des modules (dont ELN et modules de chimie)

– Module scpécifique de gestion des échantillons

– Possible de désactiver les modules qu’on n’utilise pas (pour plus de visibilité)

– Outils de gestion de projet (GANTT, PERT)

Capacité d’interconnexion avec : Empower (données chromatographiques), Office, Pymol, …

– Google Drive, Dropbox
– Slack, Github, Hangouts chat
– Mendeley Data, ORCID

Lien avec bases de données externes

N’existe pas actuellement, mais a été demandé sur GitHub (pas moyen de savoir quand cela sera réalisé cependant)

– Onglet Sci-finder lors de la manipulation d’un réactif

– Bouton pour accéder à PubChem pour chaque réactif dans la base

Travaillent actuellement à l’incorporation de bases de données externes (PubChem, eMolecules…)

Lien avec PubMed et PubChem

A évaluer avec l’éditeur

Utilisation de PubChem pour les fiches dans la gestion des stocks

Possibilité de créer des liens avec vos bases de données institutionnelles, voir avec le support, et disponible uniquement en version entreprise

Lien avec entrepôts de données

Non

Lien avec Chemotion-repository

Non

Non

Non

– Dspace, Dataverse, Figshare
– Possibilité d’inclure l’ORCID avec le dépôt des données

Import

– CSV, ZIP, import des templates pour les expériences

– ZIP, Excel pour la base de données des stocks

Importation de structures en format SDF et Excel

Import de molécule depuis ChemDraw

– Possible d’importer un CSV ou CSV-like
– Des structures chimiques peuvent être importées via un fichier SDF

Tous types de documents

Possibilité d’importer des protocoles depuis Protocols.io (plateforme de partage de protocoles)

Export

– ZIP (1 dossier par expérience contenant le PDF de l’expérience + les fichiers joints)
– Egalement possible de fusionner plusieurs expériences dans 1 PDF d’un coup

Export en format SDF et Excel

– Export en format PDF
– Export en XML à venir

Export possible des expériences, fichiers joints et pages en ZIP, PDF, csv, HTML.

Toutes les données sont accessibles et exportables via la base de données

– Possible de télécharger ses données en format csv et Excel
– Possible d’exporter ses expériences

– ZIP contenant des fichiers HTML ou XML
– Export en PDF ou format Word

API

– Permet d’accéder informatiquement aux expériences (en JSON)
– API REST

Pas d’API pour accéder à l’ELN

API pour pouvoir incorporer des bases de données externes à venir

Non

API REST, peut s’interconnecter avec un environnement existant

Oui

Versioning
Non, implémentation à venir
Oui
Oui, possible de restaurer une version, chaque module a l’option de versioning
Oui, via la récupération d’informations issues d'une sauvegarde antérieure
Sécurité Signature électronique
Oui + horodatage
Aucune
Oui
Oui
Oui : signature et contre-signature + horodatage
Oui, contre-signature également (en version payante)
Oui
Sauvegardes

Sauvegardes manuelles, mais possible de les automatiser

Possibilité de paramétrer la fréquence des sauvegardes et de dupliquer la base de données

Automatiques

Manuellement ou automatiquement (via le ‘manager Windows’)

Possibilité de paramétrer la fréquence des sauvegardes et de dupliquer la base de données

Automatiques

Peuvent être réalisées manuellement ou planifiées

Normes respectées

– RFC 3161
– CFR 21 paragraph 11
– FERPA
– HIPAA
– FISMA

Non indiqué

Non indiqué

– 21 CFR Part 11

– Annex 11

– GxP

– 21 CFR Part 11
– Annex 11
– GxP

21 CFR Part 11

21 CFR Part 11

Autres

– Authentification à deux facteurs (2FA) et OPT (one time password)

– Encryptage des données (TLSv1.2)

– Qualité du code

– HTTPS

– Possible d’interdire à des utilisateurs de supprimer des expériences

– Audit interne
– Pas de dispositif de fermeture des comptes
– Possibilité de clôturer une expérience (elle sera non modifiable ensuite et horodatée) et d’ajouter un erratum/des commentaires

– Audit trail
– Historique des modifications par utilisateur pour chaque niveau de l’arborescence
– Protection de la modification d’une entité si un autre utilisateur est déjà en cours d’utilisation

– Possible de filtrer l’accès à l’ELN par adresse IP
– Les admins ne peuvent pas changer le mot de passe des utilisateurs
– Cryptage à l’aide de TLS 1.2, de pare-feu et de stockage certifié SSAE 16
– Audit trail
– Possible d’activer un blocage du compte après 6 tentatives de connexion infructueuses (contacter un admin pour débloquer)

– Accès au serveur octroyé uniquement aux personnes autorisées
– Audits
– Hash assigné aux documents signés pour assurer l’intégrité
– HTTPS

Modèle économique Coût

– Gratuit (open source)
– 1985 € / an si hébergé par Deltablot (sans limite d’utilisateurs)

Gratuit (open source)

– Cloud : 10 € par utilisateur par mois
– In-house : idem + 800 € par an pour les mises à jour du logiciel et le support pour 20 utilisateurs, et 2000 € si supérieur à 20 utilisateurs

– 33 € / utilisateur / mois, et 400 € / utilisateur / an
– Licence perpétuelle : 8500 € pour 10 utilisateurs
– Prix dégressif en fonction du nombre d’utilisateurs

Formation initiale + 79€ / utilisateur / mois

– Gratuit pour les Universités (mais fonctions limitées)
– 99 € / utilisateur / an pour version payante

– RSpace Community (moins de fonctions) : gratuit individuellement et pour les petits groupes
– Rspace Enterprise (outil complet) : tarif préférentiel de 100$/utilisateur/an pour les Universités

Essai gratuit

Demo accessible directement depuis le site

Connexion à une démo web depuis le site Chemotion

45 jours, essai cloud : activer l’essai en ligne en s’enregistrant (limité à 10 utilisateurs)

30 jours d’essai gratuit renouvelable avec suivi technique (emails, chat, appels…)

Possibilité de demander une démo gratuite sur le site internet

Oui, sur enregistrement

Possibilité de demander une démo en live

Support

– 499 € / an pour support par Deltablot (support par email/visio, développeur très réactif)

Documentation

– Pas de support proposé

Tutoriels Youtube

– Peuvent aider à la migration depuis un autre ELN
– Maintenance et mises à jour automatiques

Compter 20% de plus dans le prix pour support et maintenance lorsque les données sont stockées localement

– Support technique avancé, inclus dans l’offre
– Documentation et webinars gratuits
– Mises à jour régulières

– Support disponible

– Mises à jour automatiques

Accompagnement pour interfacer l’ELN avec d’autres systèmes concurrents (pas forcément des cahiers électroniques mais d’autres logiciels)

Autres Références utilisateurs

– Institut Curie
– INRIA
– Intérêt manifesté récemment par l’ENS en chimie (rue d’Ulm)
– Institut Jacques Monod et le Collège de France
– Université de Cardiff
– Ecole de médecine de Hannover
– Centre Helmholtz de Berlin des Matériaux et de l’Énergie

Institut de technologie de Karlsruhe

– Université d’Oxford
– ProVepharm – Provence Technologies Group
– Université de Manchester
– Université de Groningen

– INRA
– CNRS
– Université de Nantes
– Institut Pasteur
– Harvard

– Université de Bordeaux
– Université de Montréal
– NuChem Therapeutics Inc.
– Janssen (société pharmaceutique)

– Université de Genève
– Baylor College of Medicine
– Centre de recherche de Juliers
– Université d’Édimbourg

Références web

– Code disponible sur GitHub

Workbench Harvard

– Code disponible sur GitHub

Workbench Harvard

Publication scientifique sur Chemotion

Remarques complémentaires

– Possible de demander des développements spécifiques via GitHub

– Cahier traduit en 17 langues

– Un tableur intégré à l’ELN est en train d’être développé

Possibilité de demander des développements spécifiques